Ni la date exacte de la fondation du monastère ni le nom de son fondateur ne sont connus avec précision. Selon certaines traditions populaires, Gomionica aurait été construit à la suite d'une donation du Grand Župan Stefan Nemanja et de Saint Sava (XII-XIII siècles) ; en revanche, pour d'autres, il aurait été fondé par une certaine impératrice Mara, pour d'autres par la sultane Mara, fille du despote serbe Đurađ Branković et femme du sultan Murad II ou, pour d'autres encore, par Mara, la fille du despote Jovan. En fait, l'origine du monastère remonte sans doute à la fin du XV siècle, peu de temps avant l'arrivée des Ottomans dans le royaume de Bosnie. La première mention écrite de Gomionica date d'un defter (recensement) turc remontant à 1540-1541 ; le monastère est ensuite mentionné en 1560 dans une lettre adressée par le pacha local à Istambul et précise que « l'higoumène Andrije était le supérieur du monastère de Zalužje, encore appelé Gomionica, depuis vint-quatre ans ». Le monastère est encore mentionné en 1599, dans une note accompagnant le manuscrit du Triptykon de Saint Sava, rédigé à Gomionica et aujourd'hui conservé à la bibliothèque de l'éparchie d'Arad (en Roumanie).
À la fin du XVII siècle, au moment de la deuxième guerre austro-turque (1683-1699), les moines de Gomionica durent quitter le monatère, emportant avec eux ce qu'il contenait de plus précieux, et se réfugièrent pour un temps au monastère de Hodoš dans le Banat, près d'Arad. En 1738, lors de la guerre autro-turque de 1735-1739, les religieux se refugièrent en Slavonie au monastère de Pakra. Au cours des XVIII et XIX siècles, l'église du monastère fut restaurée à plusieurs reprises.
Après le traité de Berlin (1878), l'Autriche-Hongrie obtint le droit d'occuper la Bosnie-Herzégovine ; une école ouvrit ses portes dans le monastère en 1882. En 1880, Gerasim Kočin avait prononcé ses vœux et était devenu prêtre à Gomionica ; son fils, le futur et célèbre écrivain Petar Kočić, suivit les cours de cette école.
Après la Seconde Guerre mondiale, Gomionica devint un monastère de femmes.