La configuration actuelle du Mont Sacré est le résultat de nombreuses interventions survenues depuis la fin du XV siècle jusqu’au milieu du XIX siècle.
Le promoteur du Mont Sacré fut le père Bernardino Caimi, homme politique et religieux éminent, recteur des Lieux Sacrés palestiniens et ambassadeur de la Cour d’Espagne. Comme l’indique une plaque commémorative, Caimi voulut reproduire les Lieux Sacrés avec l’aide de riches familles, « pour que les personnes ne pouvant s’y rendre en pèlerinage puisse voir Jérusalem ». Après sa mort (1499), les pères Candido Ranzo et Francesco di Marignano poursuivirent son œuvre, épaulés par Gaudenzio Ferrari de Valduggia, peintre, sculpteur, architecte et auteur de magnifiques drames sacrés à scène fixe (« Arrivée des Mages », « Crucifixion »). Jusqu’en 1529, il fut le protagoniste essentiel des travaux. Ses successeurs furent Lanino, Giulio Cesare Luini, et Fermo Stella de Caravage.
À partir de la moitié du XVI siècle commencèrent des travaux tout à fait nouveaux. En effet, durant la Contre-Réforme on voulut représenter les faits de la vie, la passion et la mort de Jésus. Le site du Mont fut divisé en deux zones, la plus basse dans la nature, et la plus élevée qui représente la « ville de Jérusalem ». De 1570 à 1590 les chapelles de la partie verte furent construites, la plupart étaient peintes et ornées de statues. De 1593 à 1640, on entreprit l’organisation urbanistique, architecturale et figurative de la partie surélevée. Ainsi les premières représentations (« Nazareth », « Bethléem », « Crucifixion », « Sépulcre ») furent intégrées à la nouvelle organisation. Celle-ci insistait sur l’aspect dramatique des faits sacrés, pour mieux diffuser la foi chez les pèlerins. À cette époque, l’œuvre de l’architecte Galeazzo Alessi (1565-1569) fut déterminante, ainsi que celles de Domenico Alfano de Pérouse (1590-1603) et de Bartolomeo Ravelli (1602-1640). Des sculpteurs comme Tabacchetti et Giovanni D’Enrico, des peintres comme Morazzone, Tanzio, Rocca Gherardini et Gianoli travaillèrent sur la représentation scénique projetée par Gaudenzio Ferrari, mais ce furent les deux artistes Il Morazzone - Giovanni d'Enrico, et surtout les frères d’Enrico, Giovanni et Tanzio, qui donnèrent au Mont Sacré de Varallo sa qualification de « Grand Théatre Montagnard ».