Une mutilation génitale est une modification permanente et grave des organes génitaux humains. Le terme de mutilation sexuelle est aujourd'hui adopté de préférence à celui de mutilation génitale tant par les organismes internationaux que par l'Académie de médecine.
Ces mutilations sont classées en quatre catégories :
Les mutilations sexuelles masculines sont la castration (ablation des testicules qui rend stérile) et l'émasculation, ou pénectomie en terme médical (voir l'article eunuque) (ablation du pénis d'un homme) ainsi que d'autres modifications invasives des organes sexuels masculins rencontrées dans certaines ethnies ou régions du globe comme la subincision.
La circoncision, qui est l'ablation du prépuce du pénis est parfois qualifiée de mutilation sexuelle. Toutefois, cette qualification de « mutilation » a été examinée au sein d'organisations internationales comme l'ONU, son antenne médicale, l'OMS et Amnesty international, qui ne l'ont pas reconnue comme telle. L'Unicef indique que la penectomie, c'est-à-dire l'ablation du pénis dans son intégralité, peut être comparée à l'excision, mais non l'ablation du prépuce.
En Rome antique, les adorateurs de la déesse phrygienne Cybèle se castraient. Le fils de la déesse, Attis, s'était castré puis ressuscité.
Les eunuques sont des hommes émasculés et dont le rôle était la garde des harems et épouses impériales en Orient (cité interdite). Les eunuques existent depuis le IX siècle av. J.-C. et se perpétuent de nos jours en Inde, où on compte un million de Hijras, un groupe hétérogène composés d'eunuques et de transgenres. Ils y ont un statut de troisième sexe.
Cette pratique orientale serait à l'origine des castrats en Occident. Au XVII siècle, les castrats étaient de jeunes garçons castrés avant la puberté pour prévenir la mue de leur voix et lui conserver son timbre aigu.
Certaines mutilations sexuelles relèvent de coutumes et parfois de rites d'initiation ou plus simplement d'intégration sociale. Elles concernent principalement le sujet jeune.
Il existe aussi des cas d'automutilation sexuelle, ou de mutilation voulue par le sujet mutilé, rencontrée chez certains hommes. La secte chrétienne russe Skoptzy en fournit un exemple. D'autres cas peuvent relever de la psychiatrie, comme celui de Bernd Jürgen Brandes qui a demandé à Armin Meiwes de lui couper le pénis pour le manger.
Il existe une technique de chirurgie réparatrice et reconstructive des mutilations génitales féminines permettant de reconstituer le clitoris et de réorganiser anatomiquement la vulve sans pour le moment pouvoir rendre aux zones érogènes détruites leur sensibilité. Cette technique mise au point par l'urologue Pierre Foldès est inscrite à la nomenclature des actes médicaux remboursés de la Sécurité sociale française.
Les techniques de restauration du prépuce après une circoncision sont essentiellement non-chirugicales, par traction de la peau restante.
La vasectomie est théoriquement réversible par vasovasostomie.