La première version de Nano a été écrite par Chris Allegretta en 1999, et s'appelait TIP (acronyme récursif de TIP Isn't Pico, « TIP n'est pas Pico »). Son ambition était d'écrire un logiciel libre pour remplacer Pico, car ni Pico ni Pine n'étaient distribués sous une licence libre. Le nom a officiellement changé pour Nano le 10 janvier 2000, car le nom précédent entrait en conflit avec un autre programme Unix. Le nouveau nom provient du système international de mesures, dans lequel « nano » signifie « 1000 fois plus » que « pico », bien que le rétro-acronyme Nano is ANOther editor (« Nano est un autre éditeur ») soit parfois utilisé. En février 2001, Nano est officiellement devenu un programme du projet GNU.
Plus récemment, Nano s'est vu ajouté des fonctionnalités faisant défaut à Pico, telle que la coloration syntaxique, la recherche et le remplacement de texte avec des expressions rationnelles, le défilement ligne par ligne ou la possibilité d'éditer plusieurs tampons.
Le 11 août 2003, Chris Allegretta a publiquement remis la maintenance de Nano entre les mains de David Lawrence Ramsey (cf. annonce).
Le support de l'UTF-8, l'annulation et la redéfinition des touches sont intégrés dans Nano à partir de la version 2.0.
