Déjà propriétaire de la société Astra, Henri Deutsch de la Meurthe décida de racheter racheter les brevets Nieuport et de séparer les activités. La Société Anonyme des Equipements Electriques poursuivit à Suresnes la production de magnétos et bougies d’allumage, tandis qu’une nouvelle entreprise, la Société Anonyme des Etablissements Nieuport (capital de 1,2 million de Francs) devait assurer la production d’avions dans une nouvelle usine, mise en chantier à Issy-les-Moulineaux. Car les ateliers de Suresnes étaient déjà trop petits et, pour assurer les commandes, il avait été nécessaire de sous-traiter une partie de la production auprès de la société Fernand Lioré, implantée à Levallois-Perret. Une école de pilotage était également ouverte à Villacoublay. Léon Bazaine était nommé directeur commercial et Henry de la Fresnaye directeur technique des Etablissements Nieuport.
Ors début 1913 la situation de Nieuport restait précaire. Avec l’apparition des monoplans parasol de la firme Morane-Saulnier, offrant une excellente visibilité vers le bas, on n’avait livré à l’armée française que de quoi équiper deux escadrilles, une pour l’Armée (N 12) et une pour la Marine. Certes un certain nombre de commandes à l’exportation (Suède, États-Unis, Japon, Grande-Bretagne) ou la cession de licences de fabrication (Russie et Italie) assuraient la survie de l’entreprise, mais il ne semble pas que plus de 250 cellules soient sorties des ateliers de Suresnes entre 1912 et 1914.
Début 1914 Gustave Delage fut nommé directeur technique et directeur général du Département des aéroplanes, puis mobilisé en août 1914, tandis que les ouvriers non mobilisés étaient transférés à Tours pour y produire des biplans Voisin III. En effet le Général Hirschauer avait limité à quatre le nombre de types d’appareils utilisés par l’Aéronautique militaire, dont un seul monoplan, le Morane-Saulnier parasol. L’avance allemande ne semblant pas menacer Paris, l’usine d’Issy-les-Moulineaux reprit son activité en novembre 1914, retrouvant la quasi-totalité de ses spécialistes en avril 1915.
Dès son retour à Issy-les-Moulineaux en février 1915, Gustave Delage dessina un nouveau type d’appareils. Les premiers sesquiplans Nieuport arrivèrent au front en mai 1915, 66 étant livrés à fin août 1915, 51 supplémentaires avant fin octobre et 40 autres avant la fin de l’année. Au total un millier de Nieuport 10 furent produits en France, en Grande-Bretagne, en Italie et en Russie. Il donna naissance au Nieuport 12 de reconnaissance et d’escorte. Plus compact, le Nieuport 11BB, premier des célèbres chasseurs Nieuport Bébé, fut construit à 7 200 exemplaires entre 1915 et 1917, suivis des Nie-16 et Nie-17 (4 000 exemplaires).
En novembre 1916 la société Nieuport & General Aircraft Company fut créée en Grande-Bretagne pour contrôler la fabrication des chasseurs Nieuport dans ce pays. L'ingénieur H.P. Folland, rendu disponible par la dissolution du bureau d'études de la Royal Aircraft Factory, fut également embauché pour développer de nouvelles machines. En 1917 la firme Nieuport occupait 4 500 m² à Issy-les-Moulineaux et employait 3 600 ouvriers répartis dans sept ateliers.
Si à partir de 1916 l'Armée préfèra les chasseurs SPAD, le Nie-24 fut construit en série pour pour la Belgique ou les États-Unis, ainsi que des monoplaces d’entrainement à la chasse Nie-27, puis des Nieuport 28 à nouveau pour les Américains.
En août 1918 Alphonse Tellier, malade, céda la Société A. Tellier et Cie à Nieuport, les ateliers installés Quai de Seine à Argenteuil et dans l’Ile de la Jatte devenant la division marine, dont Alphonse Tellier restait directeur technique tandis que l’ingénieur Robert Duhamel prenait la direction du bureau d’études d’Issy-les-Moulineaux. Nieuport fit à cette époque l’acquisition d’un vaste terrain a Bordeaux, projetant d’y construire une vaste usine pour construire l’hydravion quadrimoteur transatlantique Tellier 4R 450. Ce projet fut finalement abandonné et Alphonse Tellier, déçu et trop malade, abandonna toute activité professionnelle en 1919 pour se retirer à Grasse.