L'Office des transports, dont le siège se trouve à Berne, emploie à fin 2008 près de 280 collaborateurs répartis, dès le 1 janvier 2009, dans cinq divisions :
Politique
Le principal rôle de la division politique est de fournir une aide logistique, technique et stratégique au directeur pour la gestion de l'Office. Elle est par exemple chargée de la communication interne et externe, ainsi que du suivi des dossiers à l'interne, au sein du département, de l'Assemblée fédérale ou du Conseil fédéral.
Financement
La division financement à pour but d'assurer les moyens de financement pour la construction et la mise à niveau des infrastructures utilisées par les transports publics, tant des marchandises que des passagers. Cette division est également chargée de l'octroi des concessions pour le transport public des voyageurs.
Sécurité
Divisée en sept sections, cette division, précédemment appelée « Technologie de sécurité », est chargée des évaluations techniques et d'exploitation liées à la sécurité pour les nouvelles installations, tout en gérant la réduction des risques environnementaux.
Infrastructure
Responsable de la planification et à l'utilisation de l'infrastructure ferroviaire en Suisse, la division infrastructure s'occupe de l'octroi des concessions, de l'approbation des plans et des autorisations d’accès au réseau. Elle est également chargée de la réalisation des grands projets ferroviaires.
Gestion administrative et organisation
Cette division est responsable de services tels que la comptabilité, les ressources humaines ou la logistique.
Avant la réorganisation partielle de 2009, l'office comptait une division supplémentaire, appelée « Surveillance » dont les sections ont été réparties entre les autres divisions de l'office.
Depuis 1994, l'Office est dirigé par Max Friedli. Il est assisté de son suppléant, chargé de la division politique, des trois sous-directeurs des divisions financement, sécurité et infrastructures, du chef de la division économie d'entreprise ainsi que du responsable du groupe informatique. Deux groupes, chargés respectivement de la gestion des risques sécuritaires et de la révision de l'utilisation des moyens financiers mis à disposition de l'Office dépendent directement de la direction de l'Office.