L'immatriculation de navires sous un pavillon de complaisance présente de nombreux avantages pour le propriétaires des navires.
- Un avantage financier d'une part, qui est recherché par 100% des utilisateurs,
- d'autre part un certain laxisme concernant les visites de contrôle, cette dernière partie n'est vraiment exploitée que par quelques armateurs peu scrupuleux.
On ne peut pas dire que l'immatriculation sous pavillon de complaisance soit une condition suffisante pour classer le navire sous-normes.
La société qui profite d'un pavillon de complaisance (elle n'est souvent représentée dans ce pays que par une boîte aux lettres) s'évite ainsi les taxes qu'elle aurait à payer dans son pays d'origine et se facilite grandement les démarches d'enregistrement ; le pays qui fournit le service de pavillon de complaisance est rémunéré pour cela.
Les pavillons de complaisance permettent de s'affranchir de nombreuses réglementations, sur la sécurité et l'environnement. Une visite annuelle du navire par les autorités du pavillon est obligatoire, mais ces visites sont très souvent déléguées et effectuées par des salariés de sociétés tierces (sociétés de classification), il en ressort que de nombreux navires sont malgré tout laissés à l'abandon par les armateurs, du moins les travaux coûteux mais nécessaires sont annulés ou retardés. Ces armateurs peu scrupuleux s'arrangent pour que ces navires fréquentent le moins souvent possible les ports européens et états-uniens ; lorsque ces voyages sont indispensables, les navires sont fréquemment arrêtés par les autorités du port avec obligation de réparation. (voir site du (en) [pdf] Paris MOU:Pris dans les mailles du filet / dossiers accompagnés des photos).
La Fédération internationale des ouvriers du transport fait le constat suivant : «Les risques sont plus grands à bord des bateaux portant un pavillon de complaisance. En 2001, 63 % des pertes en tonnage absolu étaient liées à treize pavillons de complaisance. Les cinq premiers pavillons en nombre de bateaux perdus sont tous de complaisance : Panama, Chypre, Saint-Vincent, le Cambodge et Malte. »
Il est malheureusement notable que malgré les efforts faits, la situation ne s'améliore guère. Les navires sous-normes, sous pavillon de complaisance, cassent les prix du transport. Les pays dits riches, en réponse, bâtissent eux-mêmes leur propre pavillon (bis) dans le but de lutter contre la perte de fret.