Le gène de la BNP est situé sur le chromosome humain, à peu de distance de celui du facteur natriurétique atrial. Le pro-BNP, précurseur du BNP, est sécrété par les cellules musculaires cardiaques, essentiellement par celles du ventricule gauche dans les situations normales. La synthèse en est augmentée en cas de distension de ce tissu, comme on le voit typiquement dans une insuffisance cardiaque. Il est sécrété principalement par les ventricules, mais aussi par les oreillettes, ainsi que par d'autres organes.
Il est formé de 134 acides aminés.
Dans le sang, le pro-BNP perd rapidement 26 acides aminés puis est clivé en BNP, formé de 32 acides aminés, et en NT-proBNP, inactif, formé de 76 acides aminés.
Le BNP se fixe sur le récepteur du facteur natriurétique auriculaire, qu'il active.
Le BNP est ensuite détruit par une enzyme : l'endopeptidase neutre. Il peut être directement éliminé par le rein.
En cas d'insuffisance cardiaque, l'ARN messager codant la BNP est produite en grand nombre, ce qui fait penser que l'élévation du taux de BNP est en rapport avec une augmentation de la production de cette protéine et non pas seulement une augmentation du relargage de celle-ci lors d'une destruction des cellules cardiaques.