Philosophie de la biologie

La philosophie de la biologie est la branche de la philosophie des sciences qui s'intéresse aux fondements et aux enjeux conceptuels, théoriques et méthodologiques de la biologie. (La tradition de recherche française tend à employer la formule "épistémologie des sciences du vivant".)

La philosophie de la biologie porte généralement sur des sous-domaines de la biologie: génétique, théorie de l'évolution, biologie du développement, écologie, immunologie, exobiologie, etc. Sa démarche consiste à interroger les concepts et les paradigmes scientifiques contemporains pour y mener une tâche de clarification conceptuelle qui peut déboucher sur la remise en cause de certains concepts biologiques (on peut songer par exemple aux concepts d'information génétique, de récapitulation de la phylogenèse par l'ontogenèse ...)

Les philosophes de la biologie peuvent aussi travailler à construire des ponts ou à mettre en lumière les tensions qui existent entre différentes spécialités de la biologie (entre la biologie du développement et la biologie évolutionniste par exemple.)

Ces philosophes entendent travailler main dans la main avec les scientifiques, et s'efforcent d'être parfaitement informés des développements récents de la biologie auxquels ils entendent contribuer.

Le vivant se caractérise par sa sensibilité, par le fait d'avoir un métabolisme (il puise de l'énergie dans le milieu extérieur, utilise cette énergie et rejette les déchets). Mais surtout le vivant maintient, préserve et même enrichit son ordre, son organisation. A l'échelle des espèces, le vivant ne cesse de se complexifier depuis 3.5 milliards d'années.

Le problème pour le vivant est alors de se demander si, en raison de ses particularités, la vie est quelque chose de fondamentalement différent de la matière ou non. Il y a deux positions fondamentales à ce sujet :

• Le vitalisme estime que la vie est irréductible à la matière. Il doit y avoir une force vitale, un principe vital totalement différent des autres principes physiques. On retrouve cela dans l'idée que Dieu a créé la vie.
• L'autre position est d'inspiration matérialiste. Elle s'appelle le mécanisme. La vie n'est rien d'autre qu'un mécanisme, qu'une forme particulière de la matière, dont on va certainement percer le secret dans quelque temps.

Les vitalistes accusent les mécanistes d'être réductionnistes et réciproquement les matérialistes accusent les vitalistes d'être plus ou moins mystiques et obscurantistes.

Charles Darwin publie L'Origine des espèces en 1859. Darwin essaie d'expliquer l'adaptation des êtres vivants à leurs conditions d'existence par des facteurs purement mécaniques.

A chaque nouvelle génération, les descendants présentent toujours des petites variations par rapport à leurs parents. L'espèce reste la même, mais il y a des variations individuelles, dues au hasard. Parmi ces variations, la plus grande partie ne représente ni avantage ni inconvénient particulier dans la lutte pour la vie, mais un certain nombre d'entre elles constituent un handicap, d'autres un avantage pour la survie et la procréation. Sur toutes ces variations s'exerce la pression de la sélection naturelle. Le milieu ambiant laisse vivre les variations neutres, il élimine peu à peu les variations défavorables, et il favorise le développement des variations favorables. Tout cela n'a rien d'intentionnel. Le mécanisme de l'évolution se ramène donc à deux facteurs essentiels : des variations ou mutations individuelles et la pression de la sélection naturelle. Pour concevoir sa théorie, Darwin s'est inspiré du travail des éleveurs : Pour obtenir une nouvelle race (animaux) ou variété (végétaux), l'éleveur attend qu'il y ait une reproduction et sélectionne le type d'organisme qui lui convient, et ainsi de suite jusqu'à ce qu'une nouvelle race ou variété se dessine. La nature fait de même, à ceci près que c'est une sélection sans sélectionneur.

Plusieurs biologistes et philosophes ont tenté de mettre en évidence le noyau structurel de la théorie de l'évolution par sélection naturelle. A la suite d'un texte célèbre de Lewontin, on affirme souvent qu'il y a évolution par sélection naturelle dès lors que trois conditions sont réunies : variation, hérédité, réplication différentielle. Une autre manière de comprendre le processus de l'évolution par sélection naturelle est celle du philosophe David Hull, qui propose de distinguer entre "réplicateur" et "interacteur". Récemment, Peter Godfrey-Smith est revenu sur les différentes manières de résumer en une "recette" le processus évolutionnaire.

L'examen critique du concept de gène, pour mettre en évidence ses différentes significations, sinon sa définitive caducité a été un chantier important de la discipline. Cette critique prend place dans le cadre général de l'ébranlement actuel du paradigme génétique, où résultats scientifiques aussi bien que réflexions philosophiques tendent à remettre très fortement en question le génocentrisme et le déterminisme génétique qui a largement imprégné la démarche scientifique pendant une grande partie du XXe siècle.

Une des victoires notables des philosophes de la biologie (notamment S. Oyama et P. Griffiths dans leur controverse avec John Maynard Smith), est d'avoir réussi à persuader les scientifiques que si l'on tient à parler d'information en biologie (ce qui, pour certains auteurs, est fort peu recommandé), alors il n'y a aucune raison de cantonner cette notion au discours sur l'ADN, mais qu'elle doit être employée à propos de tous les facteurs développementaux, en application rigoureuse de la théorie de l'information.

La philosophie de l'immunologie s'est avant tout construite comme une réflexion critique sur les notions de "soi" et de "non-soi", centrales en immunologie. L'élaboration de la théorie du soi et du non-soi fut un processus long et complexe, dont l'une des origines est la pensée de Metchnikoff. Néanmoins, l'immunologiste qui été le principal artisan de cette théorie est l'Australien Frank Macfarlane Burnet (1899-1985). Selon la théorie du soi et du non-soi, l'organisme ne déclenche pas de réponse immunitaire contre ses propres constituants ("soi") et déclenche une réponse immunitaire contre toute entité étrangère ("non-soi").

Plusieurs problèmes se posent concernant cette théorie et cette conceptualisation :

1. Un problème historique : de quelle manière les concepts de "soi" et de "non-soi" ont-ils été empruntés au vocabulaire de la philosophie et de la psychologie? Conservent-ils la trace de ces origines dans leur usage immunologique?
2. Un problème métaphysique : l'immunologie peut-elle éclairer le problème métaphysique de l'identité des êtres, et tout particulièrement le problème de l'identité biologique, classique au moins depuis Aristote?
3. Un problème théorique : la théorie du soi et du non-soi est-elle encore adéquate aujourd'hui?

D'autres enjeux émergent actuellement en philosophie de l'immunologie, notamment dans son articulation avec la biologie de l'évolution. Par exemple, plusieurs auteurs impliqués dans le débat sur les transitions évolutionnaires utilisent le système immunitaire comme un exemple paradigmatique de processus par lequel un individu évolutionnaire se constitue en réprimant la réplication d'entités de niveau inférieur. Face au manque de preuves expérimentales indiscutables, on ne peut que souhaiter la collaboration active d'immunologistes et de philosophes sur cette question.