Pierre Bovet est d'abord professeur de philosophie et de psychologie à l'université de Neuchâtel (1903-1912). Il collabore à la création du périodique pacifiste L'Essor en 1906. A la demande d'Edouard Claparède, il va à Genève en 1912 pour diriger l'Institut Jean-Jacques Rousseau. Il fait là sa carrière, jusqu'en 1944. Il est aussi enseignant à l'université dès 1919 et l'auteur de nombreux ouvrages.
Il s'intéresse également au scoutisme et traduit en français le Scouting for boys (Éclaireurs) de Lord Baden-Powell dès l'apparition du scoutisme en France. Puis en 1921 il publie un petit livre intitulé Le génie de Baden-Powell. Avec Adolphe Ferrière et Edouard Claparède, Pierre Bovet est co-fondateur en 1925 du Bureau international d’éducation (BIE), dont la défense de la paix sera l'un des principaux objectifs. Il en est le directeur de 1925 à 1929.
Pierre Bovet est très engagé dans le mouvement de l'éducation nouvelle, il a de nombreux contacts internationaux. C'est grâce à ces contacts que lors d'un voyage en Inde en 1938, il rencontre Gandhi.
Très religieux, il est proche de la Société religieuse des Amis (quakers).