Au temps où les idées de la Réforme se répandent en Europe du Nord, secouant fortement l'Occident chrétien, les familles catholiques confirment leur foi en l'Église romaine par un attachement résolu et déterminé. Pierre Kanijs est né à Nimègue aux Pays-Bas dans l'une de ces familles. Son père est un riche bourgeois, Jacob De Hondt. Il perd sa mère, Ægidia van Houweningen, peu après sa naissance.
En 1536, Pierre est envoyé étudier à Cologne les « arts », le droit civil, et, alors qu'il murit la décision de devenir prêtre, il oriente ses études de théologie vers l'Écriture Sainte et les Pères de l'Église. Il passe une partie de 1539 à l'Université de Louvain, et en 1540 est reçu Maître ès Arts à Cologne.
Au printemps 1543, il rencontre Pierre Favre, premier compagnon de saint Ignace de Loyola, qui, chargé d'une mission papale, séjourne à Mayence (voir: Diocèse de Mayence). Sous sa direction, il fait les Exercices spirituels de Saint Ignace durant trente jours. Il décide d'entrer dans la Compagnie de Jésus, où il est admis le 8 Mai à St. Christoph (Mayence). Avec le soutien des moines chartreux de la ville il fonde ensuite à Cologne, la première résidence jésuite en Allemagne.
En 1546, Pierre Canisius est ordonné prêtre, et quitte bientôt Cologne pour l'Italie. L'année suivante, il est envoyé au concile de Trente comme théologien du Cardinal Otto Truchsess von Waldburge, l'évêque d'Augsbourg.
Après l'ajournement du concile, Ignace le rappelle à Rome, et lui fait accomplir son noviciat sous sa propre direction. Au printemps 1548, il est envoyé avec un groupe de dix jésuites sous la direction de Jérome Nadal pour fonder à Messine le premier collège jésuite. Il y enseigne le latin et la rhétorique.