Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Pinophyta (Coniferophyta, Conifères stricto sensu), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Coniferophyta ou Pinophyta ├─o Cordaitales (éteint) ├─o Vojnovskyales (éteint) └─o Coniferopsida ou Pinopsida ├─o Voltziales (éteint) └─o Pinales (paraphylétique) ├─o Gnetophyta ou Gnetales │ ├─o Ephedraceae │ └─o │ ├─o Welwitschiaceae │ └─o Gnetaceae ├─o │ ├─? Cheirolepidiaceae (éteint) │ ├─? Protopinaceae (éteint) │ ├─? Palissyaceae (éteint) │ └─o Pinaceae │ ├─o Abietoideae │ └─o │ ├─o Laricoideae │ ├─o Pinoideae │ └─o Piceoideae └─o ├─o │ ├─o Araucariaceae │ └─o │ ├─o Phyllocladaceae │ └─o Podocarpaceae ├─? Pararaucariaceae (éteint) └─o ├─o Sciadopityaceae └─o ├─o Cupressaceae └─o Taxaceae
 Vue automnale du glacier Lyman (Chiwawa Mountain, État de Washington, États-Unis). Conifères Pinaceae : Larix lyallii (en jaune), Abies lasiocarpa (en vert, avant-plan au centre), Pinus albicaulis (en vert, avant-plan à droite) |  Podocarpus matudae (Podocarpaceae) |  Taxus Cuspidata (Taxaceae) |  If commun (Taxus baccata, Taxaceae). Fruit mature (à gauche) et immature (à droite) |
 Picea mariana (Pinaceae) |  Araucaria araucana (Araucariaceae) |  Cupressus macrocarpa (Cupressaceae), Monterey (Californie) |  Sequoia sempervirens (Cupressaceae), Redwood National Park (Californie) |
La principale incertitude à l'heure actuelle concerne la place des Gnétophytes, autrefois estimées plus proches des Angiospermes (au sein des Anthophytes) que des autres Gymnospermes. Elles semblent être le groupe-frère des Pinales, et même vraisemblablement des Pinacées au sein de celles-ci. L'arbre ci-dessus maintient l'incertitude à proximité des deux groupes de Pinales s.s..