Podogymnura truei fréquente sans doute plus abondamment les zones montagneuses de l'ile de Mindanao, aux Philippines. L'espèce y vit entre 1.300m et 2.900m d'altitude. On la rencontre dans les provinces de Bukidnon, Davao du Nord et Davao du Sud, du mont Apo aux montagnes centrales de Mindanao, y compris le mont Kitanglad et dans les montagnes du sud de l'ile, dans la province de Davao du Sud. On ignore si de plus rares individus vivent aussi l'est de l'ile.
Podogymnura truei, abondant sur le mont Apo, est l'un des petits mammifères les plus courants du mont Kalatungan à cette altitude. Par chance pour ce gymnure, contrairement à Podogymnura aureospinula, son habitat n'a pas été détruit par la déforestation commerciale de la forêt, peu exploitée en montagne. En 2008, 80% de son habitat était encore préservé.
Cette espèce fréquente le même biotopes que les musaraignes. Podogymnura truei préfère les zones humides et les abords des points d'eau. Les populations sont présentes dans la forêt primaire et montagneuse, entre 1.300 et 2.000 mètre mais surtout en altitude, jusqu'à 2.900 mètres.