En Belgique, l'organisation fédérale du pays a éclaté les responsabilités ministérielles dans le champ de la santé entre l'État fédéral et les entités fédérées (Répartition des compétences dans la Belgique fédérale).
La Constitution établit que « L'autorité fédérale n'a de compétences que dans les matières que lui attribuent formellement la Constitution » . Ces compétences sont, selon la Loi spéciale du 8 août 1980 :
a) la législation organique ;
b) le financement de l'exploitation, lorsqu'il est organisé par la législation organique ;
c) l'assurance maladie-invalidité ;
d) les règles de base relatives à la programmation ;
e) les règles de base relatives au financement de l'infrastructure, en ce compris l'appareillage médical lourd ;
f) les normes nationales d'agréation uniquement dans la mesure où celles-ci peuvent avoir une répercussion sur les compétences visées aux b), c), d) et e) ci-dessus ;
g) la détermination des conditions et de la désignation comme hôpital universitaire conformément à la législation sur les hôpitaux.
La Constitution stipule que la Communauté française, la Communauté flamande et la Communauté germanophone, chacune en ce qui la concerne, "règlent par décret les matières personnalisables, de même que la coopération entre les communautés ainsi que la coopération internationale en ces matières". La Loi spéciale du 8 août 1980 précise que les matières personnalisables recouvrent la politique de santé ainsi que l’aide aux personnes. La politique de Santé comprend plus précisément :
1° La politique de dispensation de soins dans et au dehors des institutions de soins, à l'exception des compétences fédérales ;
2° L'éducation sanitaire ainsi que les activités et services de médecine préventive, à l'exception des mesures prophylactiques nationales, ainsi que l’aide aux personnes.
La situation des Régions, et plus particulièrement de la Région bilingue de Bruxelles-Capitale, est encore plus complexe .
En Communauté française, le décret de juillet 1997 portant sur l'organisation de la promotion de la santé prévoit que les buts et stratégies prioritaires de la politique de santé soient balisés par un programme quinquennal. Quant au Plan Communautaire Opérationnel (PCO), il a pour base légale le décret du 17 juillet 2003 modifiant le décret du 14 juillet 1997 portant organisation de la promotion de la santé en Communauté française .