Alors que l'attribution du prix Nobel de la paix donne souvent lieu à des controverses quant au choix des lauréats, le prix de la Banque de Suède est pour sa part essentiellement contesté pour sa pertinence même, en premier lieu parce que la correspondance d'Alfred Nobel ne fait jamais mention de son intention de récompenser cette discipline - ce que souligne notamment depuis 2001 Peter Nobel, son arrière-petit-neveu, ancien médiateur suédois à l'immigration et ancien président de la Croix-Rouge suédoise. Pour certains économistes, ces critiques ont aussi pour but de nier toute scientificité au discours économique.
Friedrich Hayek, représentant de la libérale École autrichienne d’économie et lauréat en 1974, a déclaré par ailleurs que si on lui avait demandé son avis sur le prix, il aurait « fermement déconseillé » sa création. Gunnar Myrdal, son co-lauréat, a lui déclaré que le prix devait être aboli parce qu'il avait été remis à des « réactionnaires » comme Hayek.
Le choix des lauréats est lui aussi critiqué, pour avoir souvent favorisé des économistes « orthodoxes » (dont ceux de l'école de Chicago) ou américains. Le prix Nobel de physiologie ou médecine, où la domination américaine est encore plus marquée, ne subit curieusement pas ces critiques.
Si, dans les premières années de son existence, le prix a récompensé des théoriciens de premier plan, il a également été critiqué pour couvrir une discipline qui, une fois les grands économistes des années 1970 et 1980 recompensés, manquait peut-être de champ pour justifier la remise annuelle d'un prix supposé récompenser des avancées essentielles. Ainsi, selon un économiste anonyme du début des années 1980, « tous les grands sapins sont tombés, il ne reste que des arbustes. »
L'académie royale des sciences a décidé en 1995 d'étendre le champ d'application du prix, d'une part en modifiant la composition du comité de sélection (deux non-économistes sur les cinq à huit membres), d'autre part en acceptant les candidatures relevant des sciences politiques, de la psychologie, ou de la sociologie, ayant un impact sur l'économie. Ainsi, parmi les lauréats récents, Daniel Kahneman, Robert J. Aumann et Thomas C. Schelling ne sont pas économistes.
Le prix de la Banque de Suède en sciences économiques en mémoire d'Alfred Nobel reste toutefois un couronnement majeur pour la plupart des économistes, car la plus médiatisée des récompenses qui leur sont remises.
