Assez rapidement, le gouvernement de Bernard Landry se rend compte que la construction d'une telle centrale sera mal reçue par le public. Il suspend le projet et se concentre sur une entente avec les Cris afin de reprendre la construction de centrales dans le Nord-du-Québec. La Paix des Braves signée en 2002 avec le Grand Conseil des Cris permet la construction de deux projets : la centrale Eastmain-1 et la dérivation partielle de la rivière Rupert. De plus, le Bureau d'audiences publiques sur l'environnement (BAPE) a soumis, le 13 février 2003, un rapport d'évaluation qui refuse de de souscrire au projet. Le « projet augmenterait de façon substantielle les émissions de gaz à effet de serre au Québec et que ces émissions pourraient compromettre la démarche du Québec et réduire sa marge de manœuvre face au protocole de Kyoto », conclut le BAPE.
Avec l'arrivée d'un nouveau gouvernement après l'élection de 2003, Hydro-Québec soumet à nouveau son projet de centrale thermique. Pendant ce temps, la presse commence à rapporter le niveau anormalement bas des réservoirs d'Hydro-Québec. Malgré les projets de construction de nouveaux aménagements hydroélectriques sur les rivières Sainte-Marguerite et Toulnustouc, la direction de la société d'État pense qu'elle ne pourra suffire à la demande entre 2005 et 2009 et que la construction du Suroît est nécessaire, parce qu'elle peut être construite rapidement au coût de 550 millions CAD.
Le 13 janvier 2004, le ministre responsable, Sam Hamad et André Caillé annoncent un « projet amélioré », malgré l'opposition de certains membres du gouvernement, dont le ministre de l'Environnement, Thomas Mulcair.
Pendant ce temps, l'opposition au projet, menée par l'Association québécoise de lutte contre la pollution atmosphérique(AQLPA) et la Coalition Québec vert Kyoto, se fait de plus en plus entendre. Un sondage mené par Léger Marketing pour le compte de Greenpeace en janvier 2004 démontre que 67% des personnes interrogées sont « plutôt ou totalement en désaccord » avec la construction de la centrale au gaz. L'opposition se manifeste également dans les rues. Quelque 4 000 personnes défilent devant le siège social d'Hydro-Québec à Montréal pour demander l'annulation du projet, le 1 février 2004, à l'appel d'une coalition d'organismes écologistes.
Une semaine après la manifestation de Montréal, le ministre des Ressources naturelles, de la Faune et des Parcs, Sam Hamad, demande à la Régie de l'énergie du Québec de tenir audience à ce sujet et de faire des recommandations, le 9 février 2004.
La Régie tient une semaine d'audiences publiques en mai 2004, où Hydro-Québec est sommée de s'expliquer. Le 5 juillet 2004, la Régie publie son avis, qui contient 16 recommandations au gouvernement. L'avis soutient notamment que « le projet du Suroît n’est pas indispensable à la sécurité des approvisionnements en électricité », mais qu'il est « souhaitable dans la situation actuelle de précarité et surtout de dépendance envers les importations ».
Les recommandations privilégient la filière hydroélectrique, le développement éolien et le renforcement des programmes d'efficacité énergétique pour faire face à la croissance des besoins en énergie. Elle demande aussi au gouvernement forcer Hydro-Québec à communiquer publiquement le niveau de ses réservoirs, une information qui était considérée stratégique et gardée secrète.