A part le Río Paraná au nord, et les cours inférieurs des ríos Negro et Colorado au sud, la province de Buenos Aires ne possède pas de cours d'eau très importants. Il y a par contre beaucoup d'étangs, de lacs et de lagunes, salées ou non, où vont souvent se perdre les cours d'eau au lit mal dessiné. De ce fait, dans la région de la pampa humide (est et nord-est de la province), ces derniers débordent fréquemment, et divaguent sur la pampa toute plane, causant de sévères inondations.
Le cours d'eau le plus important est le Río Salado qui est long de 700 kilomètres. Étant donné sa responsabilité dans de nombreuses inondations, l'option a été prise de dévier certains de ses affluents et de le canaliser dans son cours inférieur. Un réseau de canaux a ainsi été créé, procurant à ce fleuve et à ses affluents déviés une série de lits artificiels.
Parmi les autres cours d'eau, il faut citer le Río Samborombón et le Río Quequén Grande
La province de Buenos Aires est saupoudrée d'une grande quantité d'étangs, de lacs et de lagunes (le mot laguna en espagnol recouvre l'ensemble des petits lacs peu profonds, qu'ils soient salés ou non). Certaines de ces lagunas sont dues à des failles ou dépressions tectoniques, mais la plupart résultent de l'érosion éolienne de la plaine de la pampa. Près des côtes et de la baie de Samborombón, on trouve des lagunes salées parfois reliées à la mer, qu'en espagnol on appelle albuferas (analogues à la lagune de Venise ou à l'Étang de Thau au Languedoc). C'est le cas de la laguna de Mar Chiquita près de Mar del Plata.
A part ces albuferas, l'immense majorité des étendues d'eau de la province sont pulsatiles, en ce sens que leur dimension est fonction des cycles climatiques humidité-sécheresse. Durant les sécheresses et les hémicycles secs décrits par Florentino Ameghino, ils tendent à se dessécher et à se transformer en salines, tandis que pendant les hémicycles humides, ils voient leur étendue se multiplier (comme à la fin du XXe siècle). On considère que le dernier hémicycle humide a débuté en 1973-1974 et devrait se prolonger jusque vers 2022-23 (hémicycle de 50 ans).