Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhizaria, c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Rhizaria ├─o Cercozoa │ ├─o Endomyxa │ └─o Filosa │ ├─? Nucleohelea │ └─o │ ├─o Chlorarachnea ou Chlorarachniophyta │ └─o │ ├─o Metromonadida │ └─o │ ├─o Granofilosea │ └─o │ ├─o Metopiidae │ └─o Monadofilosa │ ├─o Cercomonadida │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Glissomonadida │ │ ├─o Pansomonadida │ │ └─o │ │ ├─o Sainouroidea │ │ └─o Heliomonadida ou Dimorphida │ └─o │ ├─o Auranticordida │ ├─o Silicofilosea ou Imbricatea │ └─o Thecofilosea │ └─o Phaeodarea └─o Retaria ├─o Radiozoa │ ├─o Nasselaria │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Sticholonchea ou Taxopodida │ │ └─o Spumellaria │ └─o Acantharea └─o Foraminifera ├─o │ ├─? Xenophyophorea │ ├─o Allogromiida │ └─o Astrorhizida ├─o Involutinida (éteint) ├─o Carterinida ├─o │ ├─o Silicoloculinida │ ├─o Spirillinida │ ├─o Miliolida │ └─o Fusulinida (éteint) └─o ├─o Lagenida ├─o Globigerinida ├─o Robertinida ├─o Textulariida └─o Rotaliida
 Foraminifères benthiques. Dans le sens des aiguilles d'une montre depuis en-haut à gauche : Ammonia beccarii, Elphidium excavatum clavatum, Buccella frigida, et Eggerella advena (Foraminifera) |  Foraminifères vus au microscope électronique |  Ammonia tepida (foraminifère benthique) vivant, collecté dans la baie de San Francisco (Californie) |  Xenophyophorea, Foraminifera |
 Radiolaires (illustration de l'expédition Challenger, 1873-1876) |  Radiolaire indéterminé |  Circogonia icosahedra (Radiolaria), par Ernst Haeckel (1904), dans son ouvrage Kunstformen derNatur |
La monophylie du groupe, récemment acquise, n'est plus remise en question ; par contre, sa place au sein des Eucaryotes ne fait pas l'objet d'un consensus (il semble plus proche des Alvéolés et Straménopiles que des Excavates, rompant ainsi la monophylie des Chromalvéolés).
En son sein, l'important groupe des Cercozoaires est lui aussi de reconnaissance récente. Si certaines analyses donnent les Foraminifères comme prenant racine au sein de ce groupe, à proximité des Gromiidés et Ascétospores, d'autres les positionnent en groupe-frère des Cercozoaires, d'autres encore au sein d'un groupe de Rétariens où ils retrouvent les Radiolaires (hormis les Phéodariés qui sont des Cercozoaires) ; y sont-ils leur groupe-frère (cf. ci-dessus), ou bien les Radiolaires restreints sont-ils eux-mêmes paraphylétiques (comme les Polycystines en leur sein) ?
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Rhizaria.