L’île fut connue des Portugais dès 1528, quand un certain Diogo Rodrigues la plaça pour la première fois sur une carte. Les Hollandais y firent escale lors de leurs voyages vers leurs colonies en Indonésie. Ces derniers se seraient ravitaillés en eau potable ainsi qu’en tortues géantes.
Ces aventuriers n’étaient que de passage et ce ne fut qu’en l’an 1691 que François Leguat et quelques compagnons s’y établirent pendant deux ans avant de regagner l’île Maurice. François Leguat decouvrit un nombre si impressionnant de tortues géantes sur l'île qu'il dit qu'il était possible de faire 100 pas sur leur dos sans toucher une seule fois le sol.
Le siècle suivant l’installation des premiers occupants fut marqué par la colonisation de l’île Maurice (île de France) et l’île de la Réunion (île Bourbon) par la Compagnie française des Indes orientales. L’île Rodrigues fut administrée depuis l’île de France. Une poignée de colons français, d’Indiens ainsi que d’esclaves africains et malgaches s’y installèrent.
En 1809, lors des guerres napoléoniennes, la flotte britannique y débarqua ses soldats en vue de la prise d’assaut de l’île Maurice. La conquête de cette dernière par les Britanniques entraîna Rodrigues sous leur administration.
Lors du référendum sur l'indépendance, à plus de 97 % les Rodriguais ont refusé l'indépendance. Mais ils ont été mis en minorité par le vote de l'île Maurice et l'indépendance de La République de l'île Maurice a été déclarée le 12 mars 1968 sans scission territoriale de l'archipel.
10 district depuis l’indépendance de Maurice en 1968, Rodrigues ne connut pas le même développement que l’île principale. En 2002, les Rodriguais votèrent afin d'élire leurs représentants à l’Assemblée régionale de Rodrigues, et l’île accéda à une certaine autonomie tout en faisant partie de la République.
L’année 2002 restera mémorable pour les habitants car elle vit la création du Vicariat apostolique de Rodrigues, avec comme premier évêque monseigneur Alain Harel ordonné le 8 décembre 2002. Auparavant, l’unique piste d’atterrissage de l'aéroport de Plaine Corail fut allongée pour accueillir un avion de plus grande capacité pouvant desservir les îles Maurice et Réunion. Ce développement a permis à l’industrie touristique de prendre son essor. Toujours en 2002, le Mauritius Trochetia jeta l’ancre pour la première fois à la rade de Port Mathurin. Ce navire vint suppléer l’autre navire ravitaillant Rodrigues, le Mauritius Pride.