Laboratoire de Physique Stellaire et Planétaire
De 1969 à 1983, il dirige le Laboratoire de Physique Stellaire et Planétaire à Verrières-le-Buisson qui est aujourd'hui devenu l'Institut d'Astrophysique Spatiale situé sur le campus de l'Université d'Orsay.
Agence spatiale européenne
En mars 1983, il est nommé Directeur du programme scientifique à l'Agence spatiale européenne (ESA).
Sous sa direction ont été lancés les satellites Giotto, Hipparcos, Hubble Space Telescope, Ulysses, Huygens, ISO, SOHO, XMM-Newton et Cluster.
Centre National de la Recherche Scientifique
Le 30 avril 2001, après 18 ans passé à l'ESA, Roger-Maurice Bonnet quitte sa fonction pour retourner au Centre national de la recherche scientifique où il détient le titre de Directeur de recherche de Classe exceptionnelle.
Comité Mondial pour la Recherche Spatiale
Roger-Maurice Bonnet est Président du COSPAR (Committee on Space Research)
International Space Science Institut
Roger-Maurice Bonnet est directeur exécutif de l’ISSI (International Space Science Institut) à Berne.