La période pré-européenne
Les récits légendaires évoquent le peuplement de l'île par deux pirogues venues de Tahiti. Des fouilles archéologiques menées à Vitaria indiquent un premier peuplement remontant au VIII° siècle de notre ère.
La période européenne
La première mention de l'île est due à l'explorateur britannique James Cook, qui l'a découverte en 1769, mais n'y a pas débarqué.
En 1821, des missionnaires de la London Missionary Society, déjà bien installée à Tahiti, s'implantent à Rurutu.
Tandis que la France établit son protectorat sur le royaume de Tahiti (1842) après avoir pris le contrôle des îles Marquises, Rurutu reste indépendante jusqu'en 1889.
De 1852 à 1889, il existe un royaume de Rurutu
La France établit son protectorat sur l'île en 1889 et l'annexe en 1900.
Dans les années 1951-1956, Rurutu est le lieu de résidence du navigateur Eric de Bisschop, chargé d'en établir le cadastre. Après sa mort dans les îles Cook lors de l'expédition des Tahiti Nui (1956-1958), il est rapatrié et inhumé au cimetière de Moerai.
Le président François Mitterrand fait une visite sur l'île en 1990, ce qui a eu un certain impact sur le développement du tourisme local.
Le nom de l'île
Auparavant Rurutu était appelée ’Eteroa (« long panier »), ce qui, selon James Cook, décrivait la forme de l'île perçue par les premiers colonisateurs polynésiens.
Petite anecdote : le capitaine Cook se dirigeant vers la Nouvelle-Zélande (Te Ao Tea Roa) croisa sur sa route l'île de Rurutu, qui n'apparaissait pas sur sa carte ; Cook interrogea son guide Maohi qui lui répondit "Tei te iti roa", ce qui voulait dire que l'île était au bord de la carte de Cook et a été retranscrit en anglais "Ete roa", prononcé "Itiroa" (selon la prononciation Maohi). Il estima à vue d'œil la population visible sur le flanc de l'île où il tenta de débarquer à 25.000 habitants. Il emprunta la passe de "Opupu" à Avera et fut contraint de faire demi-tour à cause de l'accueil armé des indigènes et des bruits de tambours qui rassemblaient les Rurutu.
Plus tard, Cook débarqua sur l'île de Tubuai où un indigène lui indiqua qu'il arrivait de l'île voisine, "Rurutu".
Finalement, son nom d'origine depuis les temps anciens était "Rurutu tu noa" qui signifie "Rassembler et lever ensemble" (quand ils ont un projet en tête, ils aboutissent toujours et de manière unie).