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Cet article présente le guide des épisodes de la première saison de la série télévisée Stargate Atlantis.
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Le SGC envoie une nouvelle équipe dans la galaxie de Pégase, à la recherche de la cité perdue d'Atlantis. Les explorateurs traversent la porte du SGC et se retrouvent immédiatement dans la cité qui reprend vie lentement. Le groupe ne tarde pas à se rendre compte que la cité git tout au fond de l'océan et que les E2PZ sont presque vides, fragilisant le bouclier de la cité qui menace de disparaitre. Le Docteur Weir et son équipe doivent alors penser à quitter les lieux pendant que le major Sheppard fait connaissance avec de nouveaux amis et des ennemis terrifiants : Les Wraiths.
Alors que la cité est remontée à la surface au moment où le bouclier a cédé, Sheppard demande l'autorisation à Élisabeth Weir pour porter secours aux habitants du village et aux autres membres de l'expédition enlevés par les Wraiths. Sheppard, Ford et d'autres soldats se rendent sur une planète pour leur porter secours et entrent en confrontation avec leurs ennemis. Sheppard libère les prisonniers mais il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des wraiths aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraiths endormis.
Après avoir recueilli les Athosiens sur Atlantis , deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité qui se nourrit des générateurs d'Atlantis. Le Dr McKay se porte volontaire pour tester la génothérapie du Dr.Beckett qui lui permettrait d'obtenir le gène des Anciens et d'utiliser leur technologie, il décide de la tester en utilisant un champ de force personnel qui le protégerait de tout. Ravi du résultat, McKay décide de montrer cette technologie au Dr.Weir, celle-ci lui demande de le retirer mais McKay rencontre un problème, il ne peut pas l'enlever.
Le jumper étant coincé dans la porte des étoiles, l'équipe se trouve en danger de mort. De plus, un ectoparasite paralysant s'est fixé sur le cou du major Sheppard, qui est dans un état critique.
Quand l'équipe d'Atlantis est attaqué par les Wraith, le Dr Weir suggère que l'ennemi a peut-être été aidé par un espion athosien. Ses soupçons soulèvent la colère des Athosiens, et les poussent à l'exode.
L'équipe rencontre les villageois de M7G-67, tous convaincus qu'ils n'ont d'autres solutions que de se suicider à l'âge de 25 ans, pour éviter d'être enlevés par les Wraith....
L'équipe rencontre les Hofans, qui ont fabriqué un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est au point. Pourra-t-il les convaincre à temps de ne pas l'utiliser?
Afin de trouver de la nourriture pour Atlantis, l'équipe essaie de travailler avec les Genii. Mais ce peuple de fermiers apparemment paisibles possède en réalité un système de défense secret..... et veut la guerre.
Le Dr McKay a découvert un vortex permettant de rentrer sur Terre. Certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais le Prométhée est endommagé, et leur retour est compromis....
Une violente tempête approche d'Atlantis, et Sheppard essaie de trouver un refuge sur Manaria pour ses habitants, tandis que McKay et Zelenka veulent utiliser l'électricité de l'orage pour activer le bouclier d'Atlantis.
Une équipe de Genii, dirigée par le commandant Kolya, s'empare d'Atlantis et prend en otage Weir et McKay. La cité étant menacée de destruction par la tempête, Sheppard doit s'occuper de sauver le reste de l'équipe.
Pendant qu'ils explorent une plate-forme d'armes des Anciens, Sheppard et McKay trouvent un vaisseau wraith naufragé sur une planète voisine et un Wraith, qui a survécu en se nourrissant de sa "cargaison" humaine.
Un virus qui provoque des hallucinations et la mort par hémorragie cérébrale se répand dans la base d'Atlantis. D'où vient-il, et surtout, pourra-t-il être éradiqué avant qu'il ne soit trop tard?
L'équipe d'Atlantis se rend sur un monde immunisé contre les Wraith. La grande prêtresse, Chaya Sar, affirme que sa déesse, Athar, ne permettra pas l'arrivée de réfugiés. Mais dit-elle la vérité?
L'équipe d'Atlantis découvre une cellule d'hibernation contenant une femme âgée de plusieurs milliers d'années. Le Dr Weir ordonne de réveiller pour découvrir qui elle est. Mais la femme affirme être ....le Dr Weir!
L'équipe recherche un E2PZ caché des milliers d'années auparavant sur la planète Dagan. Mais les Genii l'apprennent et sont déterminés à s'emparer de cette source d'énergie.
La flotte des Wraiths se dirige vers Atlantis, et tout semble perdu. L'équipe envoie un message à la Terre, pour l'avertir de la menace. Pendant ce temps, Sheppard et Teyla affrontent l'ennemi...
Teyla fait des cauchemars très réalistes au sujet des Wraith, et elle est obligée de consulter la psychologue d'Atlantis. Elle se souvient que son peuple a été l'objet d'expériences par les Wraith - des manipulations génétiques ?
Une armada Wraith se rapproche d'Atlantis, et l'équipe cherche un moyen de fuir et de détruire la cité. Bates accuse Teyla d'avoir révélé leur position aux Wraith, puis est retrouvé inconscient. Teyla l'a-t-elle attaqué?
Les Wraiths commencent l'attaque d'Atlantis, et l'équipe craint le pire, quand le Dédale arrive à la rescousse. Mais les Wraith détruisent les ogives nucléaires -les renforts semblent destinés à échouer dans leur mission !