Marie de l'Incarnation et Marguerite d'Youville fondent les premiers hôpitaux québécois, à Québec (Hôtel-Dieu de Québec) et à Montréal dès le XVIII siècle.
Les congrégations religieuses fondent graduellement au cours des trois siècle suivants une série d'établissements hospitaliers, dans toutes les régions du Québec. Durant cette période, l'Université McGill, se positionne en tant que centre de recherche médicale de renommée mondiale, en particulier avec les travaux du Dr Wilder Penfield. Le neurochirurgien bien connu fonde l'Institut de neurologie de Montréal en 1934.
Les principaux établissements de santé sont gérés par des communautés de religieuses jusqu'à la fin de l'époque Duplessis en 1959, et même au-delà. Ceci n'exclut cependant pas l'existence d'une administration publique de la santé, comme le prouve l'existence d'un réseau d'unités sanitaires dans chaque comté, à partir de 1926.
Prise en main par les provinces. Loi canadienne sur la santé. Mise en place de l'assurance-hospitalisation en 1961 et de l'assurance-maladie, à compter de 1971.
Mise en place du Régime général d’assurance médicaments en 1997. La recherche médicale et pharmaceutique est très active à Montréal, avec des laboratoires des principales entreprises mondiales dans le domaine pharmaceutique.