L'histoire se déroule un an après avoir battu une fois de plus Andross, l'ennemi de Fox McCloud et son esquadron. Mais voilà qu'un nouvel ennemi apparaît : les apparoïdes, capables de posséder tout et n'importe quoi. Ils sont déjà apparus autrefois, mais ils étaient inoffensifs. Maintenant, ce sont de vraies bêtes, acharnées sur le système Lylat. Star Fox va devoir sauver le système Lylat de cette énorme menace. Peu après, le Général Pepper les prévient de cette menace. Premièrement, ils doivent prendre une mémoire d'un des aparoïdes COMPLETE. Ils seront alors interrompus par un signal de détresse, envoyé par Pigma sans qu'il le sachent. Arrivé sur Katina, ils détruisent l'aparoïde, Peppy est inquiet, le signal s'est arrêté, mais c'est là qu'arrive Pigma et il vole la mémoire centrale. Peu après, ils affrontent Star Wolf et gagne, comme d'habitude, puis ils combattent Pigma. Celui-ci infecté par les aparoïdes, il incite Fox à le rejoindre. Battant Pigma, ils retrouvèrent la mémoire centrale, qui donnent à Beltino Toad (Père de Slippy) qui va créer une machine qui va faire pencher le conflit en leur faveur : une bombe anti-aparoïdes, qu'ils devront faire avaler à la reine. Mais pendant ce temps la,les apparoides attaque la capitale (Corneria)et le general pepper est soumis au apparoides,l'equpe de star fox est celle de star wolf(qui interviennent entre temps) sont obligés de combatrent le general qu'ils finisent par vaincrent. Lors de l'affrontement final, la Reine utilise les pensées de ceux qu'elle possède pour convaincre Fox de la rejoindre, elle utilisa la voix de son Père, James Mccloud. Mais à ce moment, Fox se rappelle ce que Wolf à dit : "N'hésite pas une seconde, quand il le faut, agis !" Et c'est là qui détruisirent la reine apparoïde.