Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Stramenopiles (Heterokonta, Hétérocontes, Straménopiles), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Heterokonta ou Stramenopiles ├─o Opalinata └─o ├─o Labyrinthulomycetes └─o ├─o Bicosoecida ou Bicoecida └─o ├─o Sloomycetes │ ├─o Hyphochytriomycetes │ └─o Oomycota ou Peronosporomycetes └─o Stramenochromes ou Heterokontophyta ou Ochrophyta ├─o Diatomeae │ ├─o Bolidophyceae ou Bolidomonadales │ └─o Bacillariophyta └─o Phaeista ├─o Parmophyceae ├─o Hypogyrista │ ├─o Pelagophyceae │ └─o Actinochrysophyceae ou Axodines └─o Chrysista ├─o Pinguiophyceae ├─o Chrysophyceae └─o ├─o Raphidophyceae └─o Phaeistia ├─o Phaeothamniophyceae ├─o Chrysomerophyceae └─o ├─o Aurearenophyceae ├─o Xanthophyceae ou Tribophyceae └─o Phaeophyceae
 Durvillea antarctica (Phaeophyceae) |  Algue brune près de Portland, Oregon (USA) |  Macrocystis pyrifera (Phaeophyceae, Laminariales) |  Macrocystis pyrifera (Phaeophyceae, Laminariales) |
 Fucus indéterminé en laisse de mer (Phaeophyceae, Fucales) |  Ulopteryx pinnatifida (Phaeophyceae, Laminariales) |  Diatomeae, d'après Haeckel (1914) : Kunstformen der Natur |
 Cyclotella meneghiniana (Diatomeae) |  Diatomées marines |  Diatomées au microscope électronique (×5000) |
La monophylie du groupe des Chromistes n'est pas avérée. Les seuls Straménopiles pourraient être plus proches parents des Alvéolés, voire des Rhizariens, que des Haptophytes et Cryptophytes.
Au sein des Straménopiles, groupe récent réunissant des Algues et des taxons autrefois classés parmi les Champignons, la principale question est celle de l'acquisition de chloroplastes chez les Hétérocontophytes (ou Ochrophytes) ou, au contraire, de leur perte dans les autres taxons.
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.).
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Stramenopiles.