L'organisation de la structure commence probablement au niveau stellaire, bien que la plupart des cosmologistes étudient rarement l'astrophysique à cette échelle. Les étoiles sont organisées dans des galaxies, elles-mêmes rassemblées en amas, puis en superamas séparés par d'immenses vides. Avant 1989, il était communément admis que les amas de galaxies virielisées étaient les plus grandes structures qui pouvaient exister, et que ceux-ci étaient à peu près uniformément distribués dans toutes les direction à travers l'univers. Cependant, grâce à une observation du redshift, Margaret Geller et John Huchra ont découvert en 1989 le « Grand Mur », une feuille de galaxies longue de plus de 500 millions d'années-lumière et large de 200 millions, mais épaisse seulement de 15 millions. Si l'existence de ce mur nous a échappé si longtemps, c'est parce qu'elle nécessitait une localisation des galaxies en trois dimensions. Celle-ci consiste à regrouper les informations sur l'emplacement des galaxies avec les données obtenues grâce à la mesure du redshift, qui permettent de déterminer la distance d'un objet. En avril 2003, une nouvelle grande structure était découverte, le Grand Mur de Sloan. Cependant, il ne s'agit pas d'une structure à proprement parler, puisque les objets ne sont pas liés gravitationnellement, comme ils semblent l'être à cause des mesures de distances. Un des plus grands vides est le vide du Capricorne, avec un diamètre estimé à 230 millions d'années-lumière. En Aout 2007, un possible vide fut détecté dans la constellation de l'Éridan. Celui-ci coïnciderait avec le point froid enregistré par WMAP, une région froide en micro-ondes étant hautement improbable selon les modèles cosmologiques actuels. Ce supervide a pu causer ce point froid, mais pour cela, il devrait avoir un diamètre étonnamment grand, de l'ordre d'un milliard d'année-lumières.
Des études plus récentes montrent l'univers comme une collection de vides géants en forme de bulles, séparés par des feuilles et des filaments galactiques, et où les superamas ne sont que des nœuds occasionnels très denses. Ce réseau est nettement visible sur le 2dF Galaxy Redshift Survey.