Il y a de nombreux avantages à utiliser une chaîne de transport intermodal à maillon fluvio-maritime. En effet, l'économie générée par le recours à ce type de transport peut être appréciable dans la mesure où les ports fluviaux sont des petites structures dont les obligations réglementaires et statutaires (dockers, grutiers…) peuvent être réduites, les coûts de la manutention et des frais annexes sont donc plus faibles, par ailleurs le matériel de manutention utilisé est souvent mieux adapté à la taille des petites unités.
L'élimination d'une rupture de charge sera d'autant plus appréciable que cette rupture de charge est coûteuse. Ainsi le transport fluvio-maritime est-il un moyen idéal pour transporter des "colis lourds", des pièces fragiles ou de grande dimension.
Selon la localisation des entreprises qui envoient ou reçoivent les marchandises, l'utilisation du transport fluvio-maritime permet de résoudre différents problèmes :
- Celui de l’économie financière compte tenu de la réduction du nombre de manutentions extrêmement coûteuses du fait des moyens puissants mobilisés, de la technicité nécessaire et du faible niveau de concurrence… (grues de forte capacité rares sur le marché par exemple…)
- Celui de la circulation routière de convois exceptionnels (pour des colis lourds et/ou volumineux) car la partie de transport « terrestre » se fait via le fleuve.
- Celui de la limitation des risques de casse de pièces fragiles (risque important au cours de chaque manutentions)
Les trafics de colis lourds sont assez réguliers sur l'axe Rhône-Saône et les opérateurs spécialistes de ce type de trafic ont la volonté de transférer les transports sur le mode fluvial et fluvio-maritime dans la mesure du possible. En effet la réglementation routière est particulièrement contraignante et les dimensions des colis ne sont pas toujours compatibles avec un transfert par route.
Le transport sans rupture de charge possède aussi des attraits pour des marchandises en vrac particulières comme les céréales par exemple. L'absence de rupture de charge améliore la traçabilité du produit. De plus, l'absence de manutention évite de détériorer la marchandise (les manutentions successives cassent le grain) et d’éviter les pertes. Ces avantages sont assez sensibles pour que les céréaliers comptent parmi les principaux utilisateurs du fluvio-maritime.
Par ailleurs, les navires fluvio-maritimes sont particulièrement adaptés aux petits ports à fortes contraintes (longueur, largeur…)