Fin 2009, selon les dirigeants de l'UNI-SU, plusieurs responsables de l'UMP dont Benoist Apparu et Claude Guéant souhaitaient créer une nouvelle organisation auquel l'UNI devait se joindre, le Mouvement des étudiants. Le but de cette organisation est de rassembler un maximum d'associations afin de concurrencer électoralement l'UNEF qu'il considère comme de gauche (tout comme la plupart des médias et observateurs de la vie étudiante). Mais cette création ne fait pas l'unanimité parmi les membres de l'UNI : certains craignent, en effet, une soumission au gouvernement et à l'UMP, une perte de leur indépendance ainsi que la possibilité de critiquer les réformes gouvernementales (quotas de boursiers, décret relatif aux enseignant-chercheurs etc.) En janvier 2010, après l'annonce du lancement du Mouvement des étudiants, l'UNI-SU est créée à Tours avec pour objectif de rassembler les membres de l'UNI souhaitant conserver leur indépendance un peu partout en France.
Le 20 février 2010, la majeure partie des membres de l'UNI d'Angers décide à leur tour de quitter le MET et de rejoindre le réseau de l'UNI-SU, considérant que le MET est " un scandaleux bulldozer médiatique aux bottes de l'UMP ". L' UNI-SU est aussi présente sur les campus de Lyon et de Bordeaux.
Lors des élections aux conseils centraux de l'Université de Tours, l'UNI-SU réalise environ trois fois plus de voix que le MET en gagnant un siège au Conseil d'Administration et en conservant celui du Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire.