L'université est fondée en 1972, alors que l'Espagne vit encore sous le régime du Général Franco. Il existait depuis plus d'un siècle une université libre, qui servit de base à l'université moderne, dont certaines des composantes sont l'héritière d'une histoire plus que centenaire .
L'université dispose aujourd'hui de onze écoles et facultés, dans lesquelles intervient une équipe de 2 100 professeurs répartis dans 165 équipes de recherche . Les champs disciplinaires sont larges et vont de la médecine aux sciences économiques en passant par les lettres et l'ingénierie. Une cinquantaine de diplômes nationaux sont délivrés par l'établissement, sans compter les doctorats et les titres propres .
Les installations universitaires sont réparties sur quatre campus. Le campus de Rabanales, situé à trois kilomètres du centre, est le plus moderne de tous, et compte de nombreux équipements à la pointe de l'innovation. Doté dans un avenir proche d'un centre de recherche et de développement, il accueille la bibliothèque centrale, un complexe sportif, ainsi que les facultés de médecine vétérinaire, sciences et deux écoles polytechniques. Le campus de Reina Mercedes, ou des Sciences de la Santé, est situé à proximité de l'hôpital universitaire Reina Sofía héberge le faculté de médecine et l'école d'infirmière. S'y trouve par ailleurs la faculté de sciences de l'éducation, un institut privé rattaché à l'université. Le campus des humanités est disséminé dans différents bâtiments du centre historique : un ancien couvent du XVII siècle pour la faculté de droit, et un monument du XVIII siècle de la Judería en ce qui concerne la faculté de lettres. Enfin, une des écoles polytechniques est installée à Belmez, à 70 kilomètres environ de Cordoue .
