Les origines
Le roi Pierre IV d'Aragon fonda une première université à Perpignan en 1349. Il s'agit de la seconde université crée dans la couronne d'Aragon, après Lérida, fondée en 1300. La ville de Perpignan était jusqu'en 1344 la capitale du royaume de Majorque, réuni à la couronne d'Aragon par Pierre IV La création de l'université peut donc être vue comme une compensation de la perte d'importance de la ville. L’université de Perpignan, alors une des 25 universités dans le monde, enseigne la médecine, le droit et les arts à plus de 400 étudiants avec une aire de recrutement essentiellement catalane. Cette université n'arriva jamais à s'imposer dans la région, concurrencée par les universités de Toulouse, Montpellier et Lérida, plus anciennes et plus prestigieuses.
Malgré sa relative obscurité, l'université continua de fonctionner tout au long du Moyen Âge et de l'époque moderne. Le rattachement de Perpignan au royaume de France par le traité des Pyrénées de 1659 affecta son recrutement en le limitant au Roussillon.
Reconstruction de la deuxième moitié du XVIIIème siècle
Dans les années 1760, les bâtiments de l'université furent reconstruits.
En bon franc-maçon du XVIII siècle, vecteur de la pensée des Lumières, Augustin-Joseph de Mailly rénove l'université, entre 1760 et 1763, fait bâtir de nouveaux bâtiments à Perpignan pour pallier la ruine de l'ancienne.
Le 31 mars 1759, une déclaration du roi Louis XV précise les principes et les modalités de réalisation de la rénovation de l’université. Puis, une ordonnance du 7 septembre 1759 énumère les dispositions matérielles décidées pour financer les travaux. Enfin, la même année, la construction d’un nouveau bâtiment est décidée.
La façade du bâtiment, réalisée par un maître d'œuvre franc-maçon, est construite sur le modèle d'un temple maçonnique. Les travaux sont entièrement financés par le maréchal qui trouve là un bon moyen de s'attirer la sympathie des étudiants. Cet établissement est doté d'un jardin des plantes (bastion des Capucins), d'un jardin des arbustes (bastion de France), d'un cabinet d'histoire naturelle, cabinet de physique, d'un amphithéâtre d'anatomie et d'une bibliothèque publique. Car, par la même occasion il convertit l'ancienne bibliothèque en Bibliothèque de l'école centrale. Elle est d'ailleurs en partie alimentée grâce au don du maréchal, qui lui lègue tous ses livres. Elle s’enrichit de 3 000 ouvrages dons particuliers d'Augustin-Joseph de Mailly, qui obtint en outre en sa faveur, un exemplaire de tous les ouvrages qui s’imprimaient au Louvre soit acheminé et déposé dans ce lieu. Le franc-maçon Augustin-Joseph de Mailly d’Haucourt, omnipotent et omniprésent, a certes donné l’impulsion nécessaire pour concrétiser de nouveaux foyers de sociabilité n’hésitant pas à contribuer de ses propres deniers pour faciliter leur exécution.
Le recteur Louis Marigo-Vaquer exprime le 2 juillet 1786, devant l'assemblée générale de l'université réunie pour l'inauguration du buste Augustin-Joseph de Mailly, la reconnaissance de l'institution à l'égard de son bienfaiteur et sa fierté de détenir d'importantes collections d'objets naturels, vifs ou conservés.
L'université cesse de fonctionner en 1794. Après avoir accueilli la bibliothèque communale, le musée des Beaux-arts, l'édifice est affecté depuis 1980 aux Archives Communales.
De la Révolution à la création de l'Université de Perpignan Via Domitia
En 1808, Perpignan n’est pas présente dans le décret napoléonien qui institut des facultés dans la plupart des villes ayant une université, ce qui est sans doute dû à la petite taille de la ville et de son université avant 1794. Elle n’est pas plus concernée par la loi du 10 juillet 1896 qui crée sous le nom d’"Université" des établissements formés par la réunion des facultés d’une même ville. La permanence du souvenir de l’Université perdue a joué un rôle essentiel dans le rétablissement de l’enseignement supérieur à Perpignan, dans les années 1950. L’assemblée de la faculté des Lettres de Montpellier accepte « un projet tendant à la création d’une annexe à Perpignan ». Durant cette période, le Conseil général assure un rôle moteur en décidant d’acquérir un terrain de 20 hectares et de le céder ensuite à l’État pour la construction d'un campus universitaire. L'actuelle université fut créée en 1971 comme centre universitaire et c’est en 1979 que l’Université possède une autonomie à la fois financière, administrative et pédagogique, administrée par le Conseil d’administration et dirigée par un Président élu par ce Conseil.
L'Université de Perpignan est implantée sur un site principal à Perpignan (52, avenue Paul Alduy), ainsi que 5 antennes délocalisées à Narbonne, Carcassonne, Tautavel, Mende et Font-Romeu.
