La durée d'incubation est de 4 à 6 semaines. La maladie comporte plusieurs phases.
- 1 phase de la maladie : On peut observer une fièvre modérée, une baisse du taux des globules blancs et une augmentation légère de la taille des ganglions lymphatiques. Cette phase dure deux mois environ et passe souvent inaperçue.
- 2 phase de la maladie : Comme pour la leucose féline (FeLV) ou le SIDA de l'homme (HIV), le chat est séropositif et ne présente aucun symptôme, le virus « sommeille » dans son organisme. Il est par contre contagieux pour les autres chats. Cette phase est d'une durée très variable, entre 5 et 10 ans environ.
- 3 phase de la maladie : À la faveur d'un stress important, d'une maladie ou bien sans aucune raison, le chat devient malade. Le virus se « réveille ». Il se multiplie et détruit des globules blancs (cellules sanguines), nécessaires à la défense du chat contre les maladies. Il y a donc une diminution des défenses immunitaires ce qui rend le chat très sensible aux microbes, même ceux qui sont peu dangereux pour des chats non atteints par le FIV.
Le chat est donc très souvent atteint par des maladies dites "opportunistes" : ce sont des maladies qui profitent de l'affaiblissement de l'animal pour se développer. Il peut également développer des maladies dites "classiques" du chat, il est alors atteint plus gravement qu'un chat négatif pour le FIV.
Le chat peut donc présenter des maladies très variées qui peuvent toucher par exemple les voies respiratoires, la bouche, les intestins, les voies urinaires, etc. Ainsi, on peut notamment observer :
- des symptômes généraux : fièvre, amaigrissement, augmentation de taille des ganglions lymphatiques ;
- des infections buccales (gingivite, stomatite) ;
- des diarrhées chroniques qui ne guérissent pas malgré la mise en place de traitements ;
- des infections des yeux (conjonctivites) ou de l'appareil respiratoire supérieur (rhinites, trachéites) ;
- des abcès cutanés récidivants ;
- des troubles nerveux (encéphalite, convulsions) ou des troubles comportementaux.
Enfin, lorsqu'un chat est atteint par le FIV, il développe souvent, surtout en phase terminale, des cancers du sang (comme des leucémies).