L'engagement de Allen est enraciné dans ses convictions religieuses et le mouvement du Réveil. Touché par les souffrances causées par la famine, il ouvre une soupe populaire (à la fin du XVIII siècle), fait des expériences agricoles, et tente d'améliorer le régime alimentaire des populations concernées.
Son expérience de colonie auto-suffisante est décrite dans Colonies at Home, où il affirme que « plutôt que d'encourager à grand frais l'émigration, l'argent serait mieux investi en établissant des Colonies at Home et en augmentant notre force nationale. »
Son autre centre d'intérêt philanthropique est l'éducation. Il est très influencé par les idées de Joseph Lancaster et devient trésorier de la Royal Lancastrian Society dont l'objectif est de soutenir les écoles progressistes en Angleterre et à l'étranger. Allen dirige une école quaker entre 1824 et 1838, s'assurant que les jeunes filles reçoivent aussi un enseignement en sciences. Cette école introduisit le premier bus scolaire au monde.
En 1811, Allen débute la publication d'une revue The Philanthropist. En 1816, il est l'un des membres fondateurs de la Peace Society.