En 1979, l'inscription d’Apium repens à l'annexe I de la Convention de Berne en faisait une espèce strictement protégée pour les États signataires. En 1992, elle était également inscrite aux annexes II et IV de la Directive Habitats, faisant obligation aux États membres de la Communauté européenne de prendre toutes les mesures nécessaires à une protection stricte des espèces concernées, et notamment interdire leur destruction ou la détérioration de leurs habitats. En France, l'ache rampante est protégée sur l'ensemble du territoire national par l'arrêté du 20 janvier 1982.
Des cultures conservatoires sont faites par les conservatoires botaniques en France, pour en cas de besoin pouvoir contribuer à renforcer des populations ou localement procéder à des réintroductions.
La création de larges zones tampon autour des zones humides, avec un entretien par pâturage lui serait favorable
Un plan de restauration est en cours au Royaume-Uni)
Elle a été retrouvée ou est localement réapparue sur quelques sites.