Hérésie d'Horus
Lorsque l'hérésie d'Horus éclata, Alpharius renia sa fidélité envers le lointain Empereur de Terra pour se ranger aux côtés de son mentor et ami Horus. Néanmoins, l'Alpha légion demeura farouchement indépendante des opérations organisées par le Maître de guerre et mena ses propres campagnes personnelles dans l'est de la galaxie. On suppose cependant que le plan mis en œuvre sur Istvaan V afin de détruire les Iron Hands, les Salamanders et la Raven Guard fut mis au point par Alpharius.
Révélations du roman Légion
Le roman "Légion" de la série de "l'Hérésie d'Horus" nous donne certaines indications supplémentaires sur l'Alpha Légion :
- L'Alpha Legion a des complices partout même au sein de la Garde Impériale, ils sont reconnaissables par le signe des l'hydre qu'ils portent sur leur hanche.
- Alpharius avait un frère jumeau : (Omegon, l'Alpha Legion possédait donc deux primarques. Ce qui signifie que même si Roboute a tué Alpharius, l'Alpha Légion possède malgré tout encore un primarque.
- Le roman nous révèle que l'Alpha Legion combat l'Imperium pour son propre bien. Car "La Cabale" (organisation secrète composée de d'anciennes races extraterrestres et d'agents humains infiltrés) lui a donné (ce qu'elle prétendait) les deux seules possibilités d'avenir pour l'Impérium :
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- Horus gagnait l'Hérésie, après quoi le chaos submergerait l'Imperium pour quelques décennies. Horus, conscient de l'horreur de ses actes et dégouté de lui même, entrainerait avec lui le reste de l'humanité vers l'auto destruction. Le chaos disparaitrait alors rapidement avec l'humanité, préservant les autres races.
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- Horus perdait et l'Imperium continuait son expansion à travers l'Univers, mais finissait par se laisser submerger par des conflits internes. A travers plusieurs millénaires de décadence, le Chaos, prendrait progressivement le dessus et plongerait l'univers dans une agonie longue et douloureuse. C'est ce qu'il est advenu dans l'historique de l'Imperium.
- La Cabale demanda alors à l'Alpha Legion de rejoindre Horus pour abréger les souffrances de l'humanité et provoquer la disparition du chaos, et permettre ainsi aux autres races de subsister.
- Selon Alpharius, l'Empereur souhaite plus que tous la destruction du Chaos. D'une certaine manière, l'Apha Legion n'a donc pas trahi l'Imperium, puisqu'elle cherche à accomplir le dessein de l'Empereur, même si le prix à payer est la destruction totale de l'Humanité.