L'archipel prend son nom du village de Hochelaga, un village iroquoien sur l'île de Montréal, disparu à la fin du XVIe siècle sans laisser de traces.
C'est le Frère Marie-Victorin qui, en 1935, nomme l'archipel avec l'un des plus anciens noms de Montréal. Dans sa Flore laurentienne, il écrit que c'est « un extraordinaire carrefour d'eaux courantes ».