Bockscar a rejoint le Nouveau-Mexique à la fin de la guerre. Des erreurs s'étaient glissées dans certains documents relatant les faits de Nagasaki. Il était question d'un autre bombardier, The Great Artiste. Quand l'erreur fut signalée, un comité se chargea de conserver Bockscar qui fut retiré du service en septembre 1946 et déplacé vers Tucson, Arizona. Il ne fit plus aucun vol jusqu'en septembre 1961 où il fut remis au National Museum of the United States Air Force.