Comme de nombreuses espèces de canards, les capybaras se jettent à l'eau lorsqu'ils se sentent menacés. Excellents nageurs et plongeurs, ils parcourent de longues distances immergés, en piétinant sur le fond. Parfois, comme des hippopotames, ils remontent respirer au ras de l'eau, à peine visibles : seuls affleurent les yeux, les oreilles et les narines, disposés au sommet de la tête. Ils broutent des végétaux en plongée. Les capybaras sont en fait des mammifères semi-aquatiques. Ainsi, leur accouplement se déroule aussi dans l'eau après un cérémonial complexe. Enfin, l'eau leur permet de mieux réguler leur température.