La région suturée peut devenir le siège d'infections douloureuses et pouvant être, dans des cas extrêmes, fatales. De récentes études recommandent d'éviter les épisiotomies car elles augmentent la morbidité et sont inutiles pour la plupart des accouchements.
Une épisiotomie peut augmenter les douleurs périnéales post-partum et provoquer des troubles de défécation, particulièrement dans le cas des épisiotomies médianes. Les relations sexuelles peuvent également être perturbées soit parce que rendues douloureuses, soit parce que du tissu érectile de la vulve a été remplacé par du tissu cicatriciel.