Il n'y a pas eu de débat important concernant les implications éthiques du développement des interfaces cerveau-ordinateur, bien que plusieurs équipements disponibles dans le commerce, tels que le « brain pacemaker (en) », utilisé pour traiter certains états neurologiques, puisse en théorie servir à modifier les comportement d'autres humains.
Le Professeur en neuroscience Michael Crutcher de L'Université Emory s'est exprimé sur la question des IND et particulièrement en ce qui concerne les prothèses visuelles et auditives: "Si seul les riches peuvent les acheter, cela désavantage tous les autres".
Ce débat éthique va probablement s'intensifier au fur et à mesure que les IND deviendront techniquement avancées et il devient apparent qu'elles ne seront pas seulement utilisées de manière thérapeutique mais aussi pour l'amélioration de l'humain. Les pacemakers du cerveau actuels, qui sont déjà utilisés pour traiter les conditions neurologiques comme la dépression, pourraient devenir un type d'IND et être utilisés pour modifier le comportement. Les puces neuronales pourraient aussi se développer encore plus, par exemple avec un hippocampe artificiel, soulevant des problèmes sur la grande question du : qu'est ce qu'être véritablement humain ?
Quelques unes des considérations éthiques soulevées par les IND dans ces circonstances sont d'ores et déjà débattues pour ce qui est de la relation avec les implants du cerveau et ce qui s'approche du contrôle mental.