Durant sa carrière, Maurice Allais s'est également intéressé à des problèmes de physique, notamment dans le domaine de la gravitation et de la relativité restreinte, en même temps qu'il s'intéressait à l'histoire de cette même théorie. Il affirme en particulier que l'espace est anisotrope, s'opposant par là à un pilier de la relativité.
Depuis que l'effet Allais a été rapporté en 1954, cette observation d'éclipses solaires fait l'objet d'une controverse scientifique internationale.