Dans nombre de pays, en raison de sa grande valeur commerciale, le merisier a fait l'objet au XXe siècle d'une forte sélection génétique, avec des plantations à partir de graines provenant toutes de quelques peuplements certifiés, qui ont certes amélioré la rectitude des troncs et certaines caractéristiques recherchées par les industriels du bois ou les ébénistes, mais en appauvrissant considérablement le patrimoine génétique de l'espèce, qui pourrait lui permettre de mieux s'adapter aux changements climatiques ou aux maladies qui le concernent. Cet appauvrissement génétique des populations forestières de merisiers plantés, pourrait encore être exacerbé par l'apparition de nouveaux cultivars clonés. Rien qu'en France, l’INRA a annoncé en 2006 la commercialisation de 3 nouveaux cultivars (sous forme de clones issus de reproduction végétative) encore plus productifs, au tronc rectiligne et résistants à la cylindrosporiose, nommés :
L’objectif est de produire un bois très homogène. L’INRA ne précise pas comment ces clones pourraient réagir aux modifications climatiques attendues ni quel pourrait être l’impact d’une réduction supplémentaire de la biodiversité des merisiers (dont les merises sont une source importante de nourriture pour de nombreuses espèces forestières et de lisières).