Le terme de macroévolution est généralement utilisé pour créer une distinction artificielle entre les phénomènes dits "de microévolution", qui sont actuels, observables et expérimentables, et relèvent de la génétique ; et les changements dans la morphologie des fossiles et leur classement, en paléontologie. Il est fréquemment utilisée dans des théories opposées au néo-darwinisme, en présupposant qu'il existe "autre chose" qui influe sur l'évolution entre les espèces. Le terme se retrouve ainsi dans les théories orthogenétiques, la théorie des équilibres ponctués, intelligent design, etc. Une partie des néo-darwinien, comme John Maynard Smith ou Richard Dawkins, en rejette donc l'usage, pour éviter toute confusion laissant entendre qu'il existe une distinction entre les mécanismes d'évolution au sein d'une espèce, et l'évolution entre les espèces.
Les deux termes sont repris par Richard Goldschmidt et le paléontologue Otto Schindewolf dans leurs travaux sur l'orthogenèse, une théorie non-darwinienne sur une évolution linéaire qui présuppose un dirigisme dans les modifications morphologiques des fossiles d'une même lignée.
Des paléontologues comme Grantham, Rice, et Stidd and Wade ont tenté d'appliquer les phénomènes de sélection au niveau des espèces, en imaginant une sélection spécifique, où le milieu sélectionnerait les espèces en fonctions de leur caractères notamment morphologiques, par analogie avec la façon dont la sélection naturelle sélectionne les gènes.
Le terme de macroévolution est utilisé par des paléontologues comme Steven Stanley, ou Stephen Jay Gould et Niles Eldredge, les fondateurs de la théorie des équilibres ponctués.