Hormis les risques de se noyer en visitant les nasses des pêcheurs, le Micropotamogale du Mont Ruwenzori est surtout menacé par la dégradation de son habitat par l'activité humaine.
Déclarée espèce en danger en 1996 par l'Union internationale pour la conservation de la nature (IUCN), elle est depuis 2006 revenue au statut d'espèce presque vulnérable car si son habitat est endommagé par endroits, il lui reste des zones préservées pour les populations, comme dans le Parc national des Virunga.