Les universités membres et reconnues sont habituellement structurées en facultés, au nombre de 10, qui sont :
La modification de l'organisation en facultés des deux plus grandes universités membres, à Cork (University College Cork) et Dublin (University College Dublin), suscite des polémiques. Elles sont accusées d'être bureaucratiques et maladroites. Au niveau national, les présidents des universités membres ont encouragé et promu les réformes structurelles, alors que les personnels administratifs s'y opposaient.
Le chancelier des "National Universities of Ireland" est officiellement de toutes les universités membres ou reconnues mais celles-ci ont leurs propres directors, qui exerce la plupart des pouvoirs liés à la fonction. Quand le système a été fondé en 1908, le premier chancelier a été nommé, puis les suivants ont été élus par une assemblée composée de diplômés et d'enseignants, lorsqu'il y avait vacance du poste.
Liste des chanceliers :