Le refuge est situé au nord-est du lac Champlain, dans l'État du Vermont à quelques centaines de mètres au sud de de la frontière du Canada. Le territoire de 27,23 km2 est situé sur les territoire municipaux de Swanton et de Highgate, tous deux situés dans le comté de Franklin.
Le territoire du refuge comprend entre autres le delta de la rivière Missisquoi et les marais entre la baie Missisquoi et la baie Maquam.