L’université de Montpellier était un établissement d’enseignement supérieur et de recherche situé dans la ville de Montpellier, existant entre 1289 et 1793, puis entre 1896 et 1970. Connue comme possédant l’une des plus anciennes écoles de médecine du monde médiéval, Montpellier était aussi réputée pour l'enseignement du droit.
C’est l’établissement à l’origine des trois universités actuelles. Celles-ci ont prévues de fusionner. Un PRES « Université Montpellier Sud de France » a été créé par un décret du 9 juin 2009.
L’université de Montpellier est le rassemblement de plusieurs écoles d’enseignement supérieur apparues dans le courant du XIIe siècle. Parmi elles, l’école de médecine est attestée en 1150 et le seigneur de Montpellier Guilhem VIII autorise l'enseignement de la médecine en 1181. À la même époque l’école de droit est marquée par l’enseignement de Placentin, juriste venu de Bologne. Le cardinal Conrad, légat du pape Honorius III, accorde une reconnaissance pontificale à l'école de médecine en 1220. En 1242, l’évêque de Maguelone, chancelier des écoles, confère à l’école des arts libéraux ses premiers statuts. L’université de Montpellier elle-même est créée le 26 octobre 1289 par la bulle papale Quia Sapientia du pape Nicolas IV.
L’école de théologie resta indépendante jusqu’à une décision pontificale de 1421 qui la rattacha à l’école de droit. L’université est relativement indépendante du pape et du roi. Celui-ci ne créé qu’un Collège royal, doté de quatre maîtres de médecine seulement. Elle jouit d’un grand prestige, notamment pour la médecine, ayant la réputation d’avoir hérité du savoir des Arabes et des Juifs, et accueille des étudiants de toute l’Europe. L’école des arts déclina dès le XIIIe siècle pour devenir une simple école municipale, dont le recteur était choisi par les consuls de la ville.
Comme toutes les universités françaises, celles de Montpellier fut supprimée en 1793 pour être remplacée par un système d’écoles centrales et d’écoles spéciales. Mais dès 1794, l'Ecole de Médecine de Montpellier est rétablie avec celles de Paris et de Strasbourg. Petit à petit les facultés vont se reformer au cours du XIXème siècle. Napoléon promulgua la loi du 11 avril 1803 (21 germinal an XI) qui créa une école de pharmacie à Montpellier. En 1808 Napoléon créant l’université impériale, la faculté des sciences est créée en 1810, il faut attendre 1878 pour que la faculté de droit soit rétablie.
L’école de pharmacie est créé en 1803.
Montpellier, qui possédait déjà de longue date une faculté de médecine mais également une Société royale des sciences réputée, créée en 1706, voit s’ouvrir en 1810 une faculté des sciences dotée au départ de sept chaires : mathématiques transcendantes, astronomie, physique, chimie, zoologie, botanique, minéralogie. Ces chaires étaient au nombre de 27 en 1960, avant la mise en place d’une nouvelle organisation de l’enseignement supérieur en 1970.
En 1890, la construction du nouvel hôpital Saint Éloi permet de libérer les locaux de l'ancien hôpital qui sont cédés à l’université. L’université de Montpellier en fait son siège jusqu’en 1960. Par la suite, le bâtiment devient le siège du rectorat.
En 1890, une annexe de la Faculté de Médecine nommée Institut de Biologie est construite le long du boulevard Henri IV. L’institut de Botanique de la Faculté de Sciences est également construit derrière le jardin des plantes
En application de la loi du 10 juillet 1896, l’ensemble de ces facultés est fédéré et l’université de Montpellier est enfin recréée. Cependant, l’université de Montpellier n’est qu’une simple addition de différentes facultés (lettres, médecine, pharmacie, sciences et droit) qui gardent leur autonomie, leur statut de personne morale et leur doyen.
La partition de l’université de Montpellier par la Loi Faure (12 novembre 1968) a donné naissance à trois nouvelles universités :
Les facultés (droit, lettres, médecine, sciences, pharmacie) cessent d’exister en tant que personnes morales et deviennent soit des UER (puis UFR en 1984) pour médecine, droit et pharmacie (UM1), soit des université de plein exercice pour lettres (UM3) et sciences (UM2). Seules les 3 universités existent en tant que personne morale et sont chacune dirigées par un président.
Les trois universités de Montpellier ont collaboré via la Conférence Académique des Présidents des Universités de l’Académie de Montpellier (créé en 1990) ou le Pôle Universitaire Européen de Montpellier et du Languedoc-Roussillon (créé en 1994) ou par la création de services inter-universitaires.
Le PRES Université Montpellier Sud de France fut créé en 2009.
Celui-ci a deux missions principales :
L’École nationale supérieure de chimie de Montpellier, Montpellier SupAgro et l’École des mines d'Alès sont les membres associés.
Il est actuellement présidé par Dominique Deville de Périère, ancienne présidente de l'Université Montpellier 1.