Le Moyen Âge
Sa création
En octobre 949, Teucinde, une femme de l’aristocratie bourguignonne qui a suivi Hugues d'Arles en Provence, également soeur du prévôt du chapitre Gontard, achète l’île de Montmajour qui appartient à l'archevêché d'Arles Manassès et en fait donation aux religieux qui y vivent ; l’abbaye est fondée. Teucinde confirme sa donation en 977. Dès 960, de nombreuses autres donations sont effectuées en faveur de l’abbaye à l’époque de son premier abbé Mauring et de son premier prieur Pons. En 963, le pape Léon III place le monastère sous son autorité directe.
Son rayonnement
L'abbaye devient au XI siècle nécropole des comtes de Provence. En effet, en 1018 a lieu l'inhumation du comte Guillaume II, en 1026, celle de la comtesse Adelaïde et en 1063, celle du comte Geoffroy. Tous les trois sont inhumés initialement dans la crypte du XI siècle avant d'être transférés au XII siècle au cloître.
Construite sur un rocher entouré de marais par des moines bénédictins, la petite abbaye Saint-Pierre étend rapidement son influence à Arles et en Provence grâce à un vaste réseau de prieurés (jusque cinquante-six au XIII siècle) et au pèlerinage de la Sainte-Croix. Un 3 mai, probablement en 1019, le pèlerinage de Montmajour appelé Pardon de Montmajour est en effet créé ; ce pardon est institué sous l’abbé Lambert, lors de la consécration de la première église Notre-Dame, en cours de construction, par l’archevêque d’Arles Pons de Marignane qui accorde à cette occasion la première indulgence historiquement attestée. Pendant tout le Moyen Âge, l'abbaye draîne tous les 3 mai de nombreux fidèles de la région, jusqu'à 150 000 pèlerins d'après Bertrand Boysset, un chroniqueur arlésien de la fin du XIV siècle. En 1426, on compte 12 à 15 000 pèlerins venant par le Rhône jusqu'à Arles pour le pèlerinage de Montmajour.
De plus, l’abbaye, réputée, reçoit de nombreux dons : vers 1100, 112 églises et prieurés dépendent d’elle en Provence.
Du XI au XIV siècles, l'abbaye entretient avec la ville d'Arles des rapports conflictuels, en particulier en ce qui concerne les limites de son territoire, les marais et les droits de pêche et de chasse. Mais paradoxalement Arles, où l'abbaye possède deux églises paroissiales, représente un marché financier et une cité où les moines trouvent leurs fournisseurs, marchands et artisans. Les Arlésiens constituent également pour le monastère un réservoir de main-d'oeuvre. Au XIII siècle, l'abbaye de Montmajour est très riche et son abbé a le train de vie d'un grand seigneur. Toutefois à partir du XIIIe siècle, si le Pardon de Montmajour continue d'avoir du succès, l'abbaye n'attire plus les aumônes des fidèles.
Le début du déclin
En 1357 quand les Grandes compagnies ravagent la Provence, puis entre 1389 et 1399, lors du conflit avec Raymond de Turenne, les moines menacés protègent leur monastère par des ouvrages militaires : un mur d’enceinte aujourd’hui disparu et une tour encore appelée tour de Pons de l’Orme, du nom de l’abbé.
En 1405, l'abbaye perd l'indépendance de son abbatiat et se trouve rattachée à l'archevêché d'Arles. Ressurgi alors un long conflit avec son prieuré de Saint-Antoine-en-Viennois qui réussit même à s'annexer temporairement Montmajour en 1490. Les dissensions portent en particulier sur les reliques de saint Antoine disputées par les deux monastères. La querelle apaisée, l'abbaye est mise en commende et ses prieurés ne cessent de régresser. Beaucoup passent à d'autres ordres ou à des laïcs contre un cens versé à l'abbaye-mère.
L'Ancien Régime
En 1593, lors des guerres de religion, l’abbaye est occupée par les soldats de la Ligue catholique et les moines doivent se retirer pendant deux ans à Arles. A leur retour ils retrouvent une abbaye dévastée.
Au XVI siècle, l'archevêque d'Arles, Jean Jaubert de Barrault y introduit la réforme bénédictine de Saint-Maur, mais il se heurte à une forte opposition des moines. Il doit faire appel en 1638 à des lettres patentes du roi l'autorisant si nécessaire à recourir à l'Intendant de Provence pour imposer le concordat de 1639. Les Mauristes prennent possession de ce monastère à la Saint-Michel 1639.
Sous la direction des nouveaux moines, des extensions sont entreprises : le lundi de Pâques 1703 l'archevêque d'Arles, François de Mailly pose la première pierre des nouveaux bâtiments conventuels de l'abbaye. En 1726, un incendie très important nécessite des travaux de reconstruction, dirigés par l'architecte Jean-Baptiste Franque. Le dernier abbé de Montmajour est le cardinal de Rohan, connu par l'Affaire du collier de la reine. L’abbaye est sécularisée en 1786.
Les Temps modernes
A la Révolution, l'ensemble monastique est vendu comme bien national. Les bâtiments, pour la plupart fort dégradés ou partiellement détruits, sont rachetés par la ville d’Arles en 1838. L'abbaye est classée Monument historique à partir de 1840 et les bâtiments restaurés sous le Second Empire, sous la direction d'Henri Antoine Révoil. Depuis 1945, l’abbaye est propriété d’État.
