À la Révolution, les 72 moines qui pourtant avaient prêté leur salle pour les assemblées du Tiers état furent chassés. À la suppression des abbayes, la municipalité de Soissons protesta. Malgré cela, le mobilier fut vendu, l'argenterie (remplacée) fondue et envoyée à la Monnaie de Paris. Le dernier Grand Prieur fut massacré en 1792 à Saint-Firmin à Paris. L'abbaye fut transformée en manutention militaire. On y installa des boulangeries : ce fut le commencement de l'occupation de l'armée.
Grâce à cette attribution, elle traversa cette époque sans dommages, mis à part la destruction d'archives, de statues décapitées, ou de vitraux brisés. Les vitraux provoquèrent d'ailleurs un incident : les unités trouvèrent du verre dans leur pain et crurent à un complot. Une menace fut prononcée par les sections révolutionnaires et ces dernières nommèrent une commission qui vit rapidement que les vitraux, sans entretien, s'abîmaient et des morceaux de verre tombaient dans la pâte à pain.
La tourmente passée, il fallut rénover les bâtiments. Même s'ils n'avaient subi aucun dommage volontaire, l'édifice resta plusieurs années sans entretien, comme la cathédrale. Les prix de la rénovation furent fixés à 26.786 livres. Les marguilliers suggérèrent au maire de détruire Saint Jean pour en vendre les matériaux. L'église fut donc mise à la disposition de l'évêque, qui, malgré une vive protestation de Soissons, et de plusieurs personnalités politiques, ordonna la destruction du bâtiment excepté les tours.
Le 10 juin 1809, le maçon Valot et le charpentier Delacroix disposèrent de toute l'église pour 3000 francs. Les vitraux et les ferrements ont été vendus en 1807. Des maisons de Soissons furent construites avec les pierres de Saint-Jean. Celles-ci, se vendant mal, la destruction fut arrêtée après une vingtaine d'années. Ainsi disparut à la manière de Cluny une nef magnifique. Le reste de l'édifice resté sans entretiens se lézardait, aussi l'on dût consolider la grande flèche à l'aide de ferrements. Mais cette intervention ne donna pas le résultat souhaité et l'on dût installer un système de chaînages pour maintenir les huit pans de la flèche à égale distance des uns des autres.