La prospérité de l'Etanche fut à maintes reprises gravement compromise par les ravages causés par la guerre. En 1431, la région de Neufchâteau subit des dévastations au cours de la lutte entre René I d'Anjou, duc de Lorraine, et Antoine, comte de Vaudémont. Vingt-cinq ans plus tard, en 1456, l'abbesse de l'Etanche, Jacquette de Gombervaux, se plaignait encore de n'avoir pu remettre en état les gagnages saccagés par la guerre.
En 1552, les dépendances du monastère furent mises à mal lors de la chevauchée en Lorraine du margrave Albert de Brandebourg. Jean-Casimir, fils de l'électeur palatin, à la tête d'une grosse armée, à Noël 1575, devait, lui aussi, commettre de graves déprédations. Enfin, les propriétés de l'abbaye souffrirent grandement durant la Guerre de Trente Ans et sous l'occupation de la Lorraine par les Français : les religieuses durent se retirer à Neufchâteau vers 1636, non sans avoir mis à l'abri à Langres tout ce qu'elles avaient de plus précieux : titres, ornements, argenterie et joyaux.
L'une des tâches essentielles des abbesses qui se succèdent à l'Etanche sera de restaurer le monastère, sans pour autant négliger des travaux qui devaient concourir à son embellissement.
Les dépendances de l'Etanche, murailles, bergerie et moulin, sont reconstruits en 1660-1661. Les murs, vitraux et portail de l'église sont rétablis de 1703 à 1708 suivant l'ordre toscan.
Les travaux de réfection du chœur s'échelonnent de 1740 à 1744. Enfin l'année 1778 voit la terminaison du vaste bâtiment conventuel formant l'aile sud du monastère, richement décorés d'escaliers, cheminées et plafonds en stuc.
À la veille de la Révolution, les revenus de l'abbaye s'élevaient, selon les années, de 20 à 25.000 livres. L'abbesse habitait alors un appartement meublé de fauteuils de tapisserie, de sophas, de miroirs et de trumeaux. Les religieuses vivaient dans leurs meubles et possédaient leur argenterie.
Quatorze domestiques étaient à leur service ; leur écurie abritait huit chevaux ; dans la remise de trouvaient un cabriolet, deux chariots, sans compter la berline de Madame de Gondrecourt qui lui fut confisquée et qu'elle essaya en vain de récupérer en 1793.
En novembre 1792, la dernière abbesse en titre, Madame de Gondrecourt et les cinq religieuses présentes à l'Etanche furent contraintes d'abandonner les lieux. L'abbaye et ses dépendances, devenues biens nationaux, furent vendues à Pierre Bon, de Dommartin, pour la somme de 20.000 livres. Bientôt l'église fut entièrement détruite, le couvent servit tour à tour de papeterie, de boissellerie, de scierie et enfin de tissage. Ces différentes entreprises ne connurent pas un succès durable et se virent contraintes de fermer leurs portes.
Une petite communauté d'habitants s'était agrégée depuis fort longtemps autour du monastère. Si, en 1710 elle ne comptait que huit habitants, on en dénombrait 54 en 1830 et 72 en 1867. Une mairie avait même été construite en 1879.