Après la victoire de Fleurus (26 juin 1794), l'armée française de Jean-Baptiste Jourdan reprend Liège, que les Autrichiens évacuent le 27 juillet.
Les moines de Saint-Laurent, cette fois, n'ont pas couru le risque de rester à l'abbaye. Ils se sont dispersés dès le 20 juillet, beaucoup s'étant réfugiés en Allemagne.
Les portes du couvent abandonné sont immédiatement forcées pour y réinstaller le dispensaire militaire de 1792. Les autorités françaises le baptisent l'«Hôpital de la Liberté».
En 1795, l'ex-principauté de Liège est intégrée à la France. Liège devient le chef-lieu du département de l'Ourthe.
Les années qui suivent voient les biens de l'abbaye démantelés. Beaucoup de richesses s'en vont «gonfler le trésor de la république», du moins celles qui ont échappé aux profiteurs organisés ou aux chapardeurs occasionnels. Le mobilier est cédé en vente publique, les livres sont déménagés à la Bibliothèque nationale créée au palais, où règnent l'incurie et le vol.
Les bâtiments souffrent de ces années terribles. L'église, par exemple, se dégrade énormément ; elle devra être abattue en 1809. En 1797 déjà, les cloches ont été descendues et entreposées à Sainte-Agathe, puis au palais ; elles ont fini par être vendues au poids comme métal non ferreux !
En 1802, le génie dresse un plan d'aménagement des lieux. En 1810, la propriété des bâtiments est attribuée à la municipalité, mais l'armée s'en réserve la location.
En 1814, on dénombre à Saint-Laurent jusqu'à sept cent cinquante patients de diverses nationalités. Le phénomène est dû à la présence à Liège des troupes coalisées contre Napoléon. À l'hôpital, Russes, Prussiens, Autrichiens, Suédois, Hollandais, Brémois, côtoient une cinquantaine de soldats français considérés comme prisonniers de guerre.
En 1815, la bataille de Waterloo amène son lot de blessés, principalement prussiens.